暮蟬鳴泣時》故事從昭和 58 年（1983年）6 月開始，男主角前原圭一搬到人口不到 2000 人的小鎮雛見澤村開始新生活，在此結識同學龍宮蕾娜、園崎魅音、北條沙都子、古手梨花等人，成為社團好友。但是在這小鎮，卻有著前原圭一所不知道的過去......事件也就此揭開序幕。《暮蟬鳴泣時 卒》故事將會延續《暮蟬鳴泣時 業》，看似與過去相同輪迴的雛見澤，在不知不覺中發生了變化。
哲志和好朋友们因为准备文化祭而留在学校，他们七人玩起了讲鬼故事的游戏，不久老师带着哲志的妹妹来了，催他们回家。临走前，喜欢鬼故事的班长提议他们用咒符玩“幸福的幸子”，来祈祷他们七人友谊永存，永远在一起。然而当他们举行完仪式，奇怪的事情发生了，教室突然猛烈摇晃起来，一阵巨响后地面轰然坍塌，所有人都掉了进去。 等他们醒来后，发现自己身处一个古旧的小学校舍里，这所废弃学校门窗紧闭，恐怖诡异。直美发现了昏迷的世以子，二人随后一起行动，企图离开这个可怕的校舍。但是更可怕的事情在后面等着她们，受害者一个个地出现。在这所名为“天神小学”的古老学校里，究竟是谁操控着这一切……
小早川流风和流水本来是一对感情很好的双胞胎，而且她们都爱上了田径队的当麻克之学长，可是克之却选择了妹妹流风. 在一次田径队举行的外出旅行中,流风一行人为了避雨而进入了一个山洞, 但是,山洞是一座古墓! 大家闻了其中的气体便一一倒下了。当流风苏醒时却发现只有自己和姐姐流水活了下来, 而且流水的行为变得异常诡异! 原来她们都中了古墓中的病毒，拥有了能自由漂浮和穿越物体的超能力，且能力在月圆时最强。流水与流风感染了两种截然相反的病毒，感染了流水病毒的人会丧失意志成为流水的傀儡，而流风的血可以让他们恢复正常。病毒让流水性情大变，出于嫉妒她坦言流风要让出克之之类的话, 并一次一次的迫害流风。由于流风也有同样的能力, 在紧要关头都能化险为夷。 得知真相的克之打算帮助姐妹俩恢复正常, 丧心病狂的流水却将克之的父母兄弟无情的杀害。流风约流水进行决斗,克之赶来,为化解姐妹俩的仇恨,克之甘愿被流水杀死,在最后关头,流水依旧无法下手,而独自离开...
