拿到这本由死神琉克所掉落的死亡笔记本的人，是日本的高中生“夜神月”。月将世界上一个个犯罪者的名字写进笔记本上杀掉，他相信这样的行为会是正义，誓言要将世界变成一个没有犯罪者的新世界，而他将是这个新世界的神。发现有人在制裁犯罪者的一般民众，开始称呼这位制裁者为“基拉”（KIRA）”（KIRA为Killer的日文拼音，意思是杀手。）另一方面，察觉到基拉出现的ICPO（国际刑警组织，Interpol），委托一个名为“L”的侦探来调查基拉事件。L是唯一能动员全世界警察的人，世界上很多陷入胶著的案件都是由他查出。他的本名、长相、居住地等，完全没有人知道。认为基拉是罪恶的L，用巧妙而大胆的方式证明出“基拉你就在日本关东地区”，在日本设立搜查总部挑战基拉。基拉和L，从此为了揭露彼此的真面目，也为了彼此的正义展开了一连串的斗智。
海崎新太（27岁）在作为新毕业生进入的公司工作了3个月就辞职了。之后他的就职活动也不顺利。双亲寄来的生活费也中断了，不得已只好回到乡下。能够倾听他烦恼的朋友和女友全都没有……穷途末路的海崎面前出现了一位神秘人物·夜明了。夜明向海崎提出，要他参加以尼特为对象的社会复归程序“ReLIFE”。其内容是，利用神秘的秘药，仅仅让外表回复年轻，并在一年内以高中生的身份去读高中——。
在艾倫他們居住的帕拉迪島之外，還存在一個其他人類居住的世界。當中一個國家「瑪雷」與其他各國爆發戰爭。陷入苦戰之際，他們決定要攻進帕拉迪島，把「始祖的巨人」搶過來。在這裏又看到另一羣孩子們拼命求生存的身影……。
舞台は22世紀、電脳ネットワークにおいて事件が起きた。ネットワークに接続した人物のデータを破壊、侵食、変化させるパラサイトウイルスの発生である。感染した人間の致死率は100%。主人公、サージ・シャディックスはウイルスによって殺された仲間たちに事件の解決を誓う。
