从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」，被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。 在社会获得显著发展的背后，恐怖的怪物出现了。 吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。
利瑟尔大人不见了！ 担任宰相的年轻贵族利瑟尔，某天正在跟属下谈话时，竟突然穿越到另一个名为「帕鲁特达」的异世界。虽然完全不知道该如何回到原来的世界，但利瑟尔本人却依然老神在在，并立刻决定把这趟穿越当作是放长假，全力展开观光加冒险！ 利瑟尔在街上四处打听情报时，偶然遇到了一个腰配长剑、浑身散发危险气息的黑衣男子劫尔。原来劫尔是全国知名的上级「冒险者」，专门接受委托来赚取金钱和名誉。 利瑟尔决定聘僱劫尔担任他的专属「导游」兼保镳，靠着天生的聪明机智和折服人心的话术，利瑟尔的异世界假期，将会掀起什么样的波澜呢？
1999年，由于数码世界资料异常增生，导致数码世界和现实世界的连接发生紊乱。地球上相应地出现奇怪的自然现象：东南亚没有下雨，池塘全部干涸；中东却因为连场大雨发生洪水；美国则遇到有史以来最寒冷的冬天。 11岁的少年八神太一（藤田淑子 配音），和伙伴石田大和（风间勇刀 配音）、武之内空（水谷优子 配音）、泉光子郎（天神有海 配音）、太刀川美美（前田爱 配音）、城户丈（菊池正美 配音）、高石武（小西寛子 配音）一起参加了夏令营，一次意外却被神秘地送到了一个多彩的数码世界。在那里，他们得到了叫做“数码宝贝”的搭档。进入数码世界后，八神太一一行人遇到了凶恶的怪兽贝壳兽，眼看大家都要被抓住的时候，太一的亚古兽忽然进化成为暴龙兽，拯救了他们。进化到底是怎么回事情？数码世界究竟是什么？无数的谜团出现在被召选的小朋友们面前，精彩的冒险就这样开始了……
