在死神界有留克的死神追加了讲述月亮的场面。伊出不登场。随着夜神总一郎心脏病发作的场面被删除，他在第二次基拉事件时看电视的地方也从医院的病房变成了街头。月和L的初次见面的地方变更为放映室。L想到了基拉对第二个基拉的回答。松田误入松柏集团会议室时做弥撒的地方，从工作间改到搜查本部的房间。在雷姆消失的场面中，留下雷姆笔记本的描写和月亮拾到笔记本的描写被删除，第三本笔记本的情节全部被省略，与《光环2》相连接。L的墓前，追加了日本搜查本部的成员宣誓的场面。部分干部的死因，从心脏麻痹一律改为个别死因。三堂从建筑物坠落死亡。纸村伫立在车站的铁轨上，被电车轧死。奈南川是交通事故。
阵界斗从东京转学到爱知县，原本界斗就是一个土生土长的东京人，转学到爱知后，界斗自己还期待周围的同学会说当地的方言，展现独特的生活习俗，但界斗想的太多，同学并没有什么特别明显的不同。直到界斗遇到后辈八十龟最中，加入了学校的写真部，才开始真正的接触爱知地区的名古屋文化与名古屋方言，作为土生土长的名古屋人，八十龟最中对于作为东京土著的阵界斗有一种莫名的对抗感，阵界斗与八十龟酱就在轻松的日常中，介绍名古屋的风土人情。之前名古屋当地为了促进观光，还任命八十龟酱为名古屋观光大使——
