异能的艾希斯

为了应对吉亚迪所开发出的完全独立无人战斗兵器“军团”的入侵，其邻国圣格诺利亚共和国开发了无人战斗兵器毁灭之力。但是，无人战斗机只是空有名号，实际是没有被认可为”人“的人们——86——驾驶，被当作道具来使用。                                                                      　　由”86“所组成的部队“先锋战队”的队长少年・辛艾，在只能等待着死亡的令人绝望的战场上为了某个目的而战斗着。在那里，共和国军队的精英・蕾娜就任了新任指挥管制官。她小时候有着被86所救助过的经历，因此想把被作为“人形猪”而遭到轻视的他们作为正常人类来对待。                                                                      　　只不过是为了战斗而被作为道具使用的少年以及被寄予了未来期望的精英才女，本不应当有所交集的两人，在激烈的战斗中看到了未来——

优等生水谷雫是一个只喜欢学习的女生，性格冷酷，不喜欢惹麻烦，唯一的兴趣是微积分，心中有一个“年收入一千万”的梦想。因为老师答应以新参考书作为报酬，雫才勉强同意送讲义给问题学生——吉田春，而春也是雫的同班同学。正是因为这“送讲义事件”，雫被春误认为成朋友，开始与春有了交集。虽然初次的相处并不愉快，但随着接触的深入，雫发现春其实是一个内心纯洁且渴望朋友的人。这样的两人在一连串的误解中逐渐相互吸引，再加上周围一帮稀奇古怪的损友们，甜蜜又青涩的校园恋爱剧就此拉开序幕。

　　小智（松本梨花 配音）带着皮卡丘（大谷育江 配音），和同伴们继续前行在冒险的旅途之中。路上，一行人遇见了带着神奇宝贝胡巴（钉宫理惠 配音）的少女麦亚丽（中川翔子 配音）。胡巴能够制造出神奇的时空圆环，带领大家在不同的地点来回穿梭。
　　地处沙漠腹地的城市迪赛鲁西坦到了，曾经，在这里发生过一场声势浩大的神奇宝贝战争，亦是因为这场战争，这里才成为了干涸少水的沙漠。在这里，麦亚丽和哥哥巴尔扎（藤原龙也 配音）汇合了，让大家没有想到的是，巴尔扎竟然得到了封印着可怕神奇怪手的瓶子。在误打误撞之中，封印被解开了，那个曾经终结过迪赛鲁西坦的可怕怪兽重见天日，而它的真实身份，竟然是超胡巴（山寺宏一 配音）。

真選組魔鬼副長——土方十四郎的身邊來了一個名叫佐佐木鐵之助的二打六。                                    
                               　　這位鐵之助雖然來自幕府中菁英輩出的名門——佐佐木家，卻是個眾人束手無策的問題兒童，被各署踢嫌棄，最後被送來了真選組。                                    
                               　　面對態度輕浮的鐵之助，土方雖然感到煩躁，卻還是努力保持理智，一直照顧他。就在某一天，遇見了在警察當中算是集結了眾多菁英的組織「見迴組」的局長——佐佐木異三郎。異三郎是鐵之助同父異母的哥哥，卻藐視鐵之助，叫他「不成材」或「二房之子」。                                    
                               　　土方聽了動怒，直接挑釁異三郎。                                    
                               　　因為他將找不到容身之處的鐵之助，與曾經是無可救藥的自己重疊在一起。                                    
                               　　鐵之助得知了土方的過去，洗心革面，下定決心要以土方為目標，變得更強。                                    
                               　　土方託付他幫忙寄送重要的信件，鐵之助全力要完成任務，卻在路途上被激進攘夷集團——知惠空黨綁架了。                                    
                               　　他們的目的是抓走與警察有關係的鐵之助，當作人質，一口氣擊垮真選組與見迴組。                                    
                               　　然而見迴組毫不理會人質，擊潰知惠空黨，甚至還企圖將責任全推到託付了鐵之助的真選組。                                    
                               　　知道他是為了將知惠空黨一網打盡，將自己的弟弟當作道具利用，使土方激動不已…                                    
                               　　真選組與見迴組即將爆發全面戰爭！！