再见了，我的克拉默

　　大门大意外地遇到了亚古兽，两人见面就大打出手，亚古兽战败后称大门大
　　为大哥，但是数码特搜部队（DATS）不容许未受其队员管理的数码兽留存在这个世界上，必需送回数码世界，而后汤岛告诉大若加入DATS他就可以跟数码世界的强敌战斗，大因此加入DATS，与淑乃及托玛组成小组，一同解决数码事件。
　　托玛发现日本的数码事件频率增加并非偶然，因此请假回到欧洲调查，发现根源来自于人类的七宗罪。而比丘兽的事情让大他们知道了其幕后黑手是究极体数码兽——墨丘利兽搞的鬼，也因此决定动身前往数码世界。而在数码世界，他们见到了一个人类小孩——郁人，他自称数码兽，对人类怀有怨恨。
　　历经艰难以后和汤岛老人会合并见到了墨丘利兽，墨丘利兽指责人类没有遵守约定，严重干扰了数码世界的秩序，对数码兽实施残酷的杀戮，然而汤岛却一再强调人类什么事情都没有做。最后谈判破裂，汤岛一面努力制造混乱局面，一面把大一行人送回了人类世界
　　，自己却留在了数码世界。回到人类世界的大家决定去见见郁人的父母。
　　在见到郁人的父母后，郁人拒绝承认自己人类的身份，在大的开导下，他才准备融入这个家庭，并希望回到数码世界，跟墨丘利兽告别。然而等待他们的，却是墨丘利兽的死亡，而杀死它的，就是曾经和大的父亲，郁人的父母以及汤岛、萨摩一同前往过数码世界的仓田。最后，大门大为DATS中唯一一位留在数码世界者。@yakutv.cc

在死神界有留克的死神追加了讲述月亮的场面。
伊出不登场。
随着夜神总一郎心脏病发作的场面被删除，他在第二次基拉事件时看电视的地方也从医院的病房变成了街头。
月和L的初次见面的地方变更为放映室。
L想到了基拉对第二个基拉的回答。
松田误入松柏集团会议室时做弥撒的地方，从工作间改到搜查本部的房间。
在雷姆消失的场面中，留下雷姆笔记本的描写和月亮拾到笔记本的描写被删除，第三本笔记本的情节全部被省略，与《光环2》相连接。
L的墓前，追加了日本搜查本部的成员宣誓的场面。
部分干部的死因，从心脏麻痹一律改为个别死因。
三堂从建筑物坠落死亡。
纸村伫立在车站的铁轨上，被电车轧死。
奈南川是交通事故。

「在逐渐沉没的世界，我找到了你。」                                                                      　　在近未来，不明原因的海平面上升导致大面积地表被海水淹没。                                                                      　　幼时因意外事故失去了一条腿的少年斑鸠夏生厌倦了城市生活，迁居到了海边的乡村小镇。                                                                      　　他无亲无故，留给他的只有曾属于海洋地质学家的祖母的船和潜水艇，以及债款。                                                                      　　夏生为了取回自己“失去的未来”，潜入大海寻找据说沉睡着祖母遗产的海底仓库。                                                                      　　他在那里找到的，是沉睡在棺材状装置中的神秘少女——亚托莉。                                                                      　　她是几乎与人类无异的，精巧且感情丰富的机器人。                                                                      　　从海底被打捞上来的亚托莉说道。                                                                      　　「我想完成主人留下的最后一道命令。在那之前，我来做夏生的脚！」                                                                      　　在逐渐沉入海中的安宁小镇，少年与机器人少女难以忘怀的夏天开始了——

　　残酷的地下格斗继续进行着。
　　王马第一战虽然赢了，但接下来就要面对吴之一族的强悍对手。王马将要如何杀出重围？