故事讲述一个看起来非常平凡的幼稚园学生松崎小美有一个不可告人的秘密 ── 那就是她在自己的卧室里和一群不可思议的迷你动物生活着：天真活泼的小尔、喜欢胡闹的健太以及永不疲倦的依沙。他们是从异次元空间“动物横町”来的居民，不知何时在小美新家的卧室里建造了一扇可通往动物横町的秘密之门。而动物横町的其他角色也随之一一登场……
在火星发现的神秘箱子――“潘多拉魔盒”打开的瞬间，巨大的墙壁突然出现！故事由此开始。被称为“天空之墙”的墙壁把日本列岛分割为三部分，并由此诞生了各自的首都「东都」「西都」「北都」。 其中在“东都”有被称为Smash的未确认生命体出现并暗中把人类逼入绝境。挡在Smash面前而出现的，是一位青年，其腰上戴着腰带、 手上握着不可思议的瓶子 。「变身！」―― 青年天才物理学者变身为假面骑士Build，阻挡在Smash的面前！
一觉醒来变成妹子！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！
