拥有名为“个性”的超常能力的人类的存在变得理所当然的世界。与No.1英雄·欧尔麦特相遇了的“无个性”少年·绿谷出久，小出他的隐藏的英雄资质被发现，并继承了欧尔麦特的“个性”——ONE FOR ALL。而后小出成功地进入了英雄辈出的名门校·雄英高校，与同学们过着互相比试切磋琢磨的每一天。 雄英高校的学生们激烈比试的大活动「雄英体育祭」、在职业英雄手下磨练技艺的「职场体验」、与“英雄杀手”斯坦因的死斗、期末考试中与欧尔麦特的战斗，然后是与敌联合的死柄木吊的邂逅…。在一个个试炼面前，目标着成为职业英雄而果敢的站了出来的出久。另一方，死柄木与欧尔麦特的宿敌·ALL FOR ONE的同伴也增加了，并伺机蠢蠢欲动。为了成为最棒的英雄的出久的步伐、以及与敌人们的战斗，日渐加速！
随着人类大规模的从事宇宙活动，在人工卫星上生活的调整者和在地球上生活的自然人之间的矛盾日益尖锐。在C.E70年2月14日，被后人称之为的“血色情人节”，由调整者殖民卫星组成的专门军事组织“Z.A.F.T.”，即扎夫特，和以大西洋联邦为首的地球联合军终于撕破脸，惨烈的宇宙战争自此爆发。 调整者阿斯兰（石田彰 配音）的母亲在“血色情人节”里不幸丧生，让其决定加入扎夫特，参与夺取由地球军秘密研制的新型高性能机动战士的计划。与扎夫特对立的地球军则积极反抗，阿斯兰的儿时好友，同样身为调整者的基拉（保志总一朗 配音）偶然中被拉进地球军的阵营，抢夺还未被劫走的高达。在这一系列的行动中，基拉展现了强大的战斗力，也在对立的情况下，和阿斯兰重逢，爱恨纠缠战争与和平的故事就此拉开序幕……
在死神界有留克的死神追加了讲述月亮的场面。
伊出不登场。
随着夜神总一郎心脏病发作的场面被删除，他在第二次基拉事件时看电视的地方也从医院的病房变成了街头。
月和L的初次见面的地方变更为放映室。
L想到了基拉对第二个基拉的回答。
松田误入松柏集团会议室时做弥撒的地方，从工作间改到搜查本部的房间。
在雷姆消失的场面中，留下雷姆笔记本的描写和月亮拾到笔记本的描写被删除，第三本笔记本的情节全部被省略，与《光环2》相连接。
L的墓前，追加了日本搜查本部的成员宣誓的场面。
部分干部的死因，从心脏麻痹一律改为个别死因。
三堂从建筑物坠落死亡。
纸村伫立在车站的铁轨上，被电车轧死。
奈南川是交通事故。
