2045年、歌が禁じられた世界──。 音楽を創造し、奏でることは人間の代わりに 音楽アプリ《MiucS》がその全てを担っていた。 少女?相葉芹亜は友人たちと出かけた先で、 禁じられているはずの歌声を耳にする。 歌声の先で芹亜が目にしたのは、一人のゴーストだった。 この世の外から顕れた偉人──"グレートゴースト"。 霊能力者集団──"ＴＥＲＡ"。 そして響く──"憑依鎮魂歌"。 「これは、私がゴーストになるまでの物語。」
真新镇的少年年满10岁之后，就可以得到训练神奇宝贝的资格。10岁的少年小智（松本梨香 配音）以成为最厉害的神奇宝贝训练大师为目标，即将踏上了修行之旅。小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选神奇宝贝的资格，无奈下他领走了一只被挑剩下的神奇宝贝——皮卡丘（大谷育江 配音）。皮卡丘又名电气鼠，虽然长相可爱，但性格含羞内向却又不亲近人类，稍有不满就乱放电电人，暴躁的脾气让小智吃尽了苦头。大木博士把神奇宝贝图和宝贝球作为践行礼物送给了小智。在小智和皮卡丘的前方，神奇宝贝的世界有许多谜题和探险在等着他们，迎接他们的到底是光明还是黑暗，小智能否如愿成为神奇宝贝大师呢？
我一定会拯救你。在打倒了魔女教大罪司教「怠惰」担当——培提其乌斯·罗曼尼康帝之后，菜月昴和爱蜜莉雅又得以重新开始。克服了艰难的诀别，两人终于和解，然而这只是新一轮风波的序幕。超乎想象的绝境危机，接踵而至的残酷现实。少年将再次直面残酷的命运。
