电视动画《进击！巨人中学校》改编自谏山创原作、中川沙树负责作画的《进击的巨人》的同名衍生漫画。今天开始就是中学一年级了。将学校中，不对，是世界中的巨人驱逐出去。怀着这样的梦想与希望迎来开学典礼早晨的艾伦，立刻又睡过去了。被青梅竹马的三笠叫起来，在马上就要迟到时才飞奔出家门的艾伦在上学路上疾驰，途中遇到了萨莎、让、康尼等来自其他小学的人们。“这就是进击中学吗”艾伦等人仰望的是高耸入云的巨大墙壁和校门。进入这里的话，开学典礼就近在眼前了。但艾伦并不知道，这所学校有着人类决不能违逆巨人的校规？！？
一晃眼二十年过去，某日，初音岛风见学园的官方新闻部的权威遭到了非官方部的大胆挑战，毕业季在即，毕业季特刊的出版成为了部里的头等大事，这一次，部长森园立夏（新田惠海 配音）决心去调查那颗传说中永不凋零的樱花树，以“魔法”作为杂志的主题。 作为新闻部里唯一的男性，芳乃清隆（小野友树 配音）自然肩负重任，温柔美丽善解人意的芳乃夏露露（宫崎羽衣 配音）、清隆青梅竹马的玩伴葛木姬乃（佐佐木未来 配音）、个性较真而又傲娇的瑠川纱罗（樱咲千依 配音）、身体孱弱个性内向的阳之下葵（海保绘果 配音），在这些新闻部同僚的帮助下，清隆会交出一份怎样的答卷呢？
一次意外中，桃宫草莓（中岛沙树 配音）的DNA中混入了山猫的DNA，之后，一系列奇怪的变化发生在了她的身体上，她的行为举止越来越像一只猫咪，并且，在草莓的周围，开始出现了一些形状可怖的袭击者。喵喵咖啡馆的店长赤坂圭一郎（绿川光 配音）找到草莓，他告诉他，世界的和平正在受到威胁，只有一种名叫喵喵水晶石的宝物才能阻止恶势力的扩张，他希望草莓能够利用自己的超能力来寻找这些水晶石。 与此同时，大小姐蓝泽薄荷（嘉数由美 配音）、温柔的碧川莴苣（佐久间红美 配音）、可爱的黄步玲（望月久代 配音）和漂亮的藤原石榴（野田顺子 配音）先后出现在了草莓的面前，她们都是拥有喵喵力量的少女，此刻，她们集结在一起，将要面对的，是实力十分强大的蓝影者（绪方惠美 配音）。
超古代的地球曾经拥有相当高度的文明，但宇宙联盟奥可夫·马纳夫担心人类文明会破坏宇宙的和平，所以出动大军将人类文明彻底消灭。 时至现代，地球上已经筑起了新的文明，但宇宙联盟的威胁亦再次出现。为了人类的未来，凭借超古代文明而觉醒的12位星神战士，将担负起保卫地球的重任。
