住在以第七迷宫为中心的城镇，支乡的年轻人阿里巴巴，通过做着车夫的打工逐渐实现着自己攻略迷宫，成为大富翁的梦想。这样的一天，他与为寻找『魔神的金属器』而旅行着的迷之少年，阿拉丁相遇了。阿里巴巴在目睹了潜藏于他所持有的笛中的『乌戈君』的力量后，向阿拉丁提出了共同进行迷宫攻略的邀请。 魔笛MAGI第二季全集动画预定播放内容为原作的大圣母篇。
在平日的生活中，突然发生了一些不可思议的事情。那些事情的背后必定是谁的“梦”的存在。 所谓“梦”就是藏在心里描画的事情。有时，这些事情会从心中走出来到现实世界中，超越了梦境的“梦”又会成为“噩梦”，成为“灾祸”。以三岛塔子为首的一群“梦的使者”们，将驱赶走控制他们的“魔咒”，给这些“梦”找回主人，送梦回到他们该去的地方……
有着人类少女的样貌，却不同于人类的存在――精灵。 她们拥有强大的能力，从邻界现身时，因为会伴随名为『空间震』的灾难，她们甚至被称为人类的天敌。 面对精灵的威胁，人类能采取的手段，是以武力歼灭，或是―― 『与精灵约会，使其娇羞』！ 五河士道能通过让精灵娇羞并亲吻精灵来封印她们的灵力。 靠着这个特异能力持续拯救人类及精灵们的士道身边，有股巨大波涛即将袭击而来。 身为世界屈指可数的巨大企业且想获得精灵力量的DEM社，为了夺取士道的性命，将大举来袭。 于是，士道记忆深处里的神秘少女现出原形―― 各种想法错综复杂，史上最大的战争即将开始。
1945年的夏天，二次世界大战的阴影从地球上空褪去。远在北方的色丹岛无法独占宁静，炮火轰炸过后不久，苏联人的战舰军队到来，令日本岛民们不知是吉是凶。濑能家的两兄弟——10岁的淳平（横山幸汰 配音）和7岁的宽太（谷合纯矢 配音）见证着时代的巨大变革。最初的残酷过去，苏联人的家属来到岛上，不经意间种下了和平友爱的种子。通过音乐，苏日两国儿童成为可以唱歌玩耍的朋友，濑能兄弟则依靠玩具蒸汽火车和住在她家隔壁的女孩塔尼娅变得亲密无间，但好不容易得到的友情却因某起事件而破碎。 在时代、民族、国家和政治的洪流中，孩子们的人生留下了最初却永远不会褪去的伤痕……
