ヒャッコクジムのジムリーダー・ゴジカに勝利し、7つ目のジムバッジを入手したサトシ達は8つ目のポケモンジムがある街・エイセツシティに向けて、旅を続けていた。その道中、一行は正体不明のポケモン「プニちゃん」を旅に連れていくのだが、「プニちゃん」は謎の集団・フレア団に狙われていた。 击败了第七道馆的道馆训练家葛吉花后，小智一行人继续以收集齐八枚徽章为目标向映雪市进发。在旅途中，他们遇到了正体不明的绿色生物“小软”（基格尔德·核心）及为其目标而行动的神秘团体“闪焰队”。
时间是第一次拉达姆之战过后十年，人类已掌握铁加曼系统，并以第一次拉达姆之战中被素体化的人类为基础，着手重建铁加曼系统。而拉达姆不甘心上次的失败，派遣大量舰队驶向地球，在太阳系外围与地球防卫军展开激战。同时，为了对抗新的敌人，宇宙骑士队重组，并着手制造新的铁加曼。第二部中，由美，大卫，娜塔沙作为新的主角登场，而亚纪则成为新的宇宙骑士队队长，我们第一部的英雄D-BOY作为宇宙骑士队的灵魂，为人所知的仅是十年前一战与月球基地同时消失于天际这一残酷的事实。而故事即由此展开。
一次偶然之中，天真单纯的少女美幸（国府田真理子 配音）追随着一只匆匆忙忙的奇怪兔子，掉进了兔子洞，穿越到了一个光怪陆离的奇妙世界之中。在这里，邪恶的红王后（井上喜久子 配音）手握大权，居住在这里的居民们无不遭受到她的迫害。 这是一个人人都为之疯狂的世界，只有美幸一人保持着清醒和理智，她先后遇见了渡渡鸟、柴郡猫（折笠愛 配音）、和秋丽（冬马由美 配音）、冬丽（绪方惠美 配音）等角色，帮助兔子找回了丢失的扇子和手套，勇敢的站出来，带领大家抵抗红王后的残暴统治。最终，美幸才发现，这一切只不过是自己的一个梦罢了，但这真的只是一个梦吗？
日暮戈薇是就读于国中三年级的15岁普通小女生，某日，她偶然通过家中神社的枯井来到了500年前的战国时代。时狼烟四起，妖怪横行，世间大地生灵涂炭。戈薇在御神木那里邂逅了被封印的半妖犬夜叉。50年前，意欲变成真正妖怪的犬夜叉，为了得到四魂之玉结识拥有强大灵力的巫女桔梗。经过一段时间相处，两人之间产生了感情。犬夜叉因此希望变成人类，而桔梗也打算在净化完四魂之玉后过回普通人的生活。然而，对桔梗心存邪念的盗贼鬼蜘蛛将灵魂和肉体献给妖怪，继而转生变成邪恶的半妖奈落。在他的一番挑拨下，犬夜叉被桔梗封印在神木之上，重伤的桔梗也在悲伤绝望中死去。 桔梗转生的戈薇解救了犬夜叉，却不慎将四魂之玉射成碎片。为了找回碎片，她和犬夜叉以及随后遇到的伙伴：七宝、弥勒、珊瑚踏上了充满艰难险阻的旅途……
在梦原国的国庆日时，本来是一片祥和的节日气氛。突然，天色为之大变，位于梦原海水下面的邪灵城里，邪灵王指示许多怪兽向故事世界发动袭击。为了避免国家受到破坏，梦原的统治者——波拉公主，派出了她的十二勇士，即十二生肖守护神来保护梦原国。守护神们各有各的性格和特点，他们在彼此协作中穿越时空，来到了被破坏的故事世界，找出邪灵，竟而恢复世界的原貌。在这些故事中，穿插了大量我们已十分熟悉的童话故事。像是《彼得潘》、《龟兔赛跑》、《灰姑娘》、《桃太郎》等。这些故事经过加工之后，成了这里的童话世界，既熟悉又有新意。 本片改编自池田仁男的同名漫画。
