故事背景在剧场版《苍穹之法芙娜 HEAVEN AND EARTH》的2年后，由于与来主操的邂逅，龙宫岛获得了与Mir对话的手段，这也给岛带来了可能性。阿尔维斯的孩子们一边进行战斗的准备，一边摸索着理解敌人的方法。2年后的现在，龙宫岛获得了更进一步的进化，理解Festum语言的少女与被Festum所守护的少女，当两人相遇之时，新世界的门将打开……
“夜はまだ終わらない” 吸血鬼になることへの戸惑いを乗り越え、ナズナを“好き”になることを決めたコウと、コウに“惚れさせる”決意をしたナズナ。 「恋」が一体なんなのか、わからないまま二人の夜は加速していく。 吸血鬼を殺そうと企む探偵・鶯 餡子の手が、すぐそこまで迫る。吸血鬼の弱点は「人間時代に思い入れの強かったもの」。その弱点を予め処分しようとするが、ナズナには人間時代の記憶が一切ない。ナズナの隠された過去とは？なぜ餡子は吸血鬼を殺すようになったのか？そして、ナズナと餡子に交錯する“秘密”とは――？ コウ、ナズナ、餡子……楽しい「よふかし」では終わらない、新たな“夜”がはじまる！
