从小便能看见妖怪的少年夏目贵志。自从他从祖母玲子那里继承了与妖怪成为主从并将其名字书写在上的契约书“友人帐”以来，便与自称为保镖的妖怪猫咪老师一同，开始了将名字返还给妖怪的每一天。夏目与各种各样的妖怪与善良人们相遇，在构筑温暖的场所同时，也反复寄托着想要守护重要之物的想法。
真新镇的少年年满10岁之后，就可以得到训练神奇宝贝的资格。10岁的少年小智（松本梨香 配音）以成为最厉害的神奇宝贝训练大师为目标，即将踏上了修行之旅。小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选神奇宝贝的资格，无奈下他领走了一只被挑剩下的神奇宝贝——皮卡丘（大谷育江 配音）。皮卡丘又名电气鼠，虽然长相可爱，但性格含羞内向却又不亲近人类，稍有不满就乱放电电人，暴躁的脾气让小智吃尽了苦头。大木博士把神奇宝贝图和宝贝球作为践行礼物送给了小智。在小智和皮卡丘的前方，神奇宝贝的世界有许多谜题和探险在等着他们，迎接他们的到底是光明还是黑暗，小智能否如愿成为神奇宝贝大师呢？
大空遥（优木加奈 配音）是一个个性活泼开朗的女生，却因为自己个子太高走在人群中过于扎眼而时常感到缺乏自信。原本居住生活在东京的她来到了临近大海阳光灿烂的冲绳，进入那里的高中就读，在冲绳，遥和表妹比嘉比方（宫下早纪 配音）重逢了。 在比方的影响下，遥开始接触沙滩排球，令遥感到自卑的身高，在这项运动里却成为了她的优势。个性大大咧咧不拘小节的红爱（种崎敦美 配音）、凡事都十分认真一板一眼的惠美理（末柄里恵 配音），通过这项运动，遥结识了一帮志同道合的好友们，在金黄的沙滩上和蔚蓝的大海边，女孩子们尽情的挥洒着她们的汗水。
阿澄皇哉（山中真寻 配音）是在大学里就读的大四学生，为了补贴家用，在课余时间里，阿澄还从事着家政夫的兼职。这一次，阿澄的雇主是一个名叫成濑圭一（寺岛惇太 配音）的男人，他独自抚养着年幼的儿子一佳（古木望 配音），阿澄的出现大大的缓解了他在家务上的压力。 圭一的脸蛋生得非常娇俏，娇俏的甚至都不像一个男人，他的存在渐渐的吸引了阿澄的注意，阿澄发现自己总是不自觉的顶着自己的主人发呆。一次偶然中，阿澄发现了圭一欲求不满的一面，这巨大的反差让阿澄对于圭一的感情犹如山洪一样的爆发了。
