在“真实动物园”(Real Zoo Zoo)里住着小斑猫(SSECOM)，小热狗(HOTDOG)，小粉猪(PINGKY)等400余种，2000多只动物。在这里每天都发生着充满友情、冒险和勇气且妙趣横生的故事。
周元为提升实力，决定和夭夭、吞吞前往圣迹之地夺取大机缘。路上偶遇万兽王朝的小郡主绿萝、剑王朝的剑瞎子李纯钧、左丘家族的妖女左丘青鱼等天骄，结为好友。
同时，周元的“一生之敌”、“蟒雀吞龙”的“蟒”、大武太子武煌，也来到圣迹之地。双龙相会，风云变色。
圣迹之地的造化之争开启，周元与小伙伴们一起挫败了东玄大陆的阴谋，并在随后一对一的战斗中，怒战仇敌武煌，夺回原本属于自己的圣龙气运。周元还遇到了苍玄老祖的残影，得知了过往渊源。
周元赢得造化之争，并选择加入苍玄宗。与一众好友告别后，周元和夭夭、吞吞一起踏上前往苍玄宗的征途。
收复玉龙国、打败天地盟主之后，神兵小将们继续过着和平的生活。 可好景不长，黑暗的势力一刻都没有停止他们的野心，元始天魔把琉璃国的国王变成了黑暗的傀儡（玄天邪帝），并且开始了对玉岛国（玉龙国的姊妹国）进行了侵略。玉岛国元首玉燕的首席侍卫宗主的女儿灵剑双子奉命驾驶女娲星船到玉龙国接南宫逸去支援，没想到南宫逸不在家，反而把问天、问雅、小龙和天晶兽接了过来，玉龙国元首知道了这件事，马上用水晶球通知其他的神兵小将到玉岛国帮助问天，一场正邪大战又开始了......
