一年战争已告一段落的三年后，基于地球联邦军重建计划而被提议的“高达开发计划”开始执行，其中的两台原型机RX-78GP01与RX-78GP02A为了实施性能测试而搬运至澳大利亚"托林顿"基地，但是吉恩残党查知此项计划，并且袭击该基地企图夺取装载有核弹的GP02A。曾经被称呼为“所罗门的恶梦”的吉恩军王牌机师阿纳贝尔•卡多少校（又译为阿纳贝鲁•卡图）成功的搭上了GP02A，但是在企图脱离的GP02A面前，新手测试驾驶员浦木宏驾驶了GP01拦阻，揭开了宇宙世纪0083年迪拉兹纷争的序幕。
「流泪道别并不适合我们，因为下次再见时会很难为情。」 在勇者欣梅尔一行人击败魔王后的世界中，与欣梅尔等人一同为世界带来和平、活了千年以上的精灵魔法使──芙莉莲。 在面对寿命已尽的欣梅尔之死时，因落下的泪水与心中涌现的情感，踏上了「理解人类之心的旅程」。在旅途中，她与曾由过去伙伴海塔抚养长大的魔法使费伦，以及同为伙伴艾冉的弟子、战士修塔尔克结伴同行，一同朝向灵魂长眠之地前进。 在旅程中，与各种人们相遇交流，并与狡诈的魔族与魔物展开战斗。有时平静温柔，有时无聊琐碎，有时激烈动荡，有时直击心扉……所有的一切、每一个瞬间，都一点一滴地堆叠成三人无可取代的珍贵回忆。而在这趟旅程的终点，究竟等待着他们的会是什么？ 魔法使资格测试结束后，他们三人将再度启程──
以沉默的出租车司机「小户川」为主角，故事围绕在他与各种性格古怪的乘客之间，最终将联系到一名高中少女失踪的真相。
1912年，实业家涉泽荣一请到了土御门家的阴阳师平井保昌和物理学家寺田寅彦施行东京改造计划，运用灵力保护国都。魔人加藤保宪唤醒了一千年前的叛臣平将门的怨灵，企图毁灭东京。他选择了将门末裔辰宫由佳理作为灵媒。在平井以及大文豪幸田露伴的守护之下，加藤的阴谋没有得逞，但由佳理腹中却开始孕育拥有恐怖力量的新生命。平井在明治天皇驾崩之日自杀。1923年9月1日，加藤引发了关东大地震，在殊死搏斗中幸田将其打伤，最终将门怨灵没有觉醒，东京被保住了。在涉泽的努力下，东京迅速重建。1927年，日本首列地铁即将开通，而加藤放出的魔物妨害了这项工程，寺田运用西村真琴发明的日本第一台机器人解决了问题。不久后，加藤的能力完全恢复，企图再次破坏东京……
玄关门一打开，眼前冒出了一位小学女生—— “我依照约定来了，请收我为弟子！” 年仅十六岁便拥有将棋界最高头衔“龙王”的九头龙八一家里，出现一位名叫雏鹤爱的小学三年级生，九岁。 “什么？……弟子？你在说什么？” “……您不记得了吗？” 八一对自己答应过的事情完全没有印象，却展开了与小学女生同居的生活。受到爱直率的热情影响，八一也逐渐取回险些丧失的热忱——
