在科技发达的未来，网络上流传着一种真假不明、被称为“全息幽灵”的奇怪现象。 初中一年级的天之河宙，启动了父亲留下的“数码暴龙机”开始能看到大家看不见的未知生物“数码宝贝”......
住之江圭太是个临近高中升学考试的初中三年级男生。他在小时候由于父亲再婚，而和可爱的双胞胎姐妹·亚香和理香成为了姐弟。尽管没有血缘关系，三人也关系和睦地一同成长，但不知从何时开始，亚香和理香却似乎对圭太产生了恋情。看似是个认真的人、实际上是闷骚类型的亚香，以及虽然说话很冷淡、内在却很积极的理香。被两人所逼近的圭太，陷入了并非是由于应考学习所导致的、另一种意义上的困境
19世纪英国——名门贵族凡多姆海威家的管家塞巴斯蒂安·米卡利斯和13岁的主人夏尔·凡多姆海威一起以“女王的看门狗”的身分负责地下社会的肮脏工作。 受女王之命，塞巴斯蒂安和夏尔前往德国调查不可思议的死亡事件。 寻找真相的两人进到只要踏入就会被诅咒致死的“人狼之森”，可怕的诅咒从天而降……
平凡的大学生·野本裕也，与神秘少女·瞳相遇了。
在没有人烟的废弃场，野本目击到了她变成野兽的模样，与狮子怪物展开死战的一幕。他们的真实身份，是同时拥有人类的头脑与野兽的獠牙的“兽斗士（Brute）”。并且，瞳是隐藏着最强斗争本能的兽斗士“蜜獾（Ratel）”。
兽斗士们被自古以来支配日本经济的四大财阀三门、八菱、角供、石田所雇佣，并作为其代理人展开决斗，争夺霸权。之后，野本通过再次与瞳相遇，被卷入了这些兽斗士们的炽烈战斗“牙斗（Killing Bites）”当中——。
2020年，网络对于如今人们的生活而言已经是不可或缺的一部分。但是，人类所不知道的是，在网络的另一面有着一个无限的世界——数码世界，以及居住在其中的数码兽……以首都圈为中心发生了大规模网络故障，乱闪的信号灯、乱码的室外屏幕……新闻上报道是网络恐怖袭击。故事的主人公是住在东京近郊高层公寓的小学五年级生八神太一。为了准备周末的夏令营而一个人留在家中，去涩谷的母亲和妹妹八神光乘上了一辆无法停止的电车。为了救母亲和妹妹，太一急忙赶往涩谷，当他前往车站月台的瞬间发生了不可思议的现象，太一去了数码世界！孩子们与搭档数码兽相遇，一同面对未知的“冒险”！
番外3——那些为了中午便当的事
