故事依旧围绕斗龙战士的冒险、友爱、热血的战斗精神展开叙述，通过宝贝龙拍档和原始恐龙之间的经历和磨炼，以及斗龙战士之间的情感变化，多角度的弘扬斗龙精神，让孩子们体会成长中遇到的挫折和变化，让人类向原始恐龙学习来自原始恐龙世界的美德，共同为创建人类更美好的未来而努力。
为了弄清自己记忆碎片的真相，顾长歌进入真仙学院，结识各大门派的大能，得知自己是魔主的身份，还发现之前逃走的赢霜的下落，使用计谋将其引出并把他击杀，还得知另有人知道自己的真实身份，顾长歌便设计与其发生冲突，但却被其逃走，顾长歌得知逃往地方，便设计让世人怀疑其和魔功传承者有勾结，顾长歌以此为借口，率领自家军队前去讨伐，不料对方家主实力强大，然而这时顾家的仙人前来相助，最后将其击败，还得到大量的宝物。各大势力得知有神器出世，便率军前来夺取，顾长歌也想得到此神器，也率军前往，各方大门派此相遇，大家为了神器而激战，最后顾长歌得到神器。
为从美杜莎女王手中夺取异火，萧炎在药老陪同下前往蛇人族居住的塔戈尔沙漠。却因口渴误闯绿洲，引来蛇人族高手月媚追杀。没有药老逆天协助的萧炎，眼看要被月媚杀死，生死存亡之际，幸得一位蒙面斗皇相救。不料蒙面斗皇一行人也为异火而来。美杜莎女王拒绝古河交换异火的条件，蒙面斗皇戳穿女王此刻是能量体，而真正的女王在某处准备吞噬异火，进化为斗宗。蛇人族攻击冒犯女王的古河等人，萧炎也在混战中感知到异火行踪，潜入女王所在的地心岛……
