伊莉雅是一個就讀穗群原學園的普通女孩，有一天被萬花筒之杖的人工天然精靈「魔法紅寶石」強制締結契約，成為「魔法少女伊莉雅」。她在萬花筒之杖前任持有者遠坂凜的命令下，開始被迫幫忙回收階級卡片……
由于父亲工作的缘故，二见望（高城元气 配音）将寄宿至小镇上的阿姨家，并且在那里的“双爱学园”里完成自己初中的课程。关于这个小镇，有一个忧伤又美丽的传说，一对双胞胎姐妹同时爱上了一名年轻男子，由于男子无法做出抉择，悲伤的姐妹两化作小鸟飞翔天际。不知是不是由于这个传说的缘故，小镇上的双胞胎姐妹特别的多。 在小镇上，望结识了樱月姐妹琦罗（伊月唯 配音）和希罗（纲挂裕美 配音），一条姐妹薰子（堀江由衣 配音）和菫子（小清水亚美 配音），白钟姐妹双树（门胁舞 配音）和沙罗（水桥香织 配音）等双胞胎姐妹们，她们外表相似但个性迥异的特点吸引了望的注意。同时，在望的记忆中，幼年时曾在这里和一对姐妹许下了约定，他知道，这对姐妹正藏在这些五光十色的女孩子们中间。
