15世纪的欧洲某国。在跳级中被允许进入大学的神童拉法尔。他回应了周围的期待，宣布将专攻当时最重要的神学。但是，从以前开始就热心投入的对天文的热情一直没有被抛弃。 有一天，他遇到了一位名叫休伯特的神秘学者。因为触犯了基于异端思想的禁忌而受到拷问，被关进监狱的休伯特。 他研究的是关于宇宙的冲击性的“某个假说”——。
岩谷尚文（石川界人 配音）是一个内心里充满了正义感的青年，对世界上发生的很多不公平的事情都深感愤怒。一次偶然中，他被传送到了异世界里，成为了能够使用各种各样不同功能的盾牌的盾之勇者。本以为可以就此展开伸张正义的旅途，哪知道刚刚过去几天，他就经历了战友的背叛，而且丢掉了所有的财物。尚文发誓再也不要信任这个世界里的任何人了。 就在这个节骨眼上，尚文的面前出现了一位名为拉芙塔利亚（濑户麻沙美 配音）的少女，拉芙塔利亚是一名奴隶，尚文决定用金钱来换取忠诚将她买下，在相处的过程中，拉芙塔利亚渐渐爱上了自己的主人。
一心想成为幽灵猎人的天空寺尊于18岁生日时，收到来自十年前亡父生前所寄的幽灵眼魂（Ghost Eyecon）后，来自异世界的怪人——眼魔突如其来地出现在面前并盯上此物，甚至为救青梅竹马月村明里和御成而身亡。得到仙人的帮助之下而获得Ghost驱动器变身，成为假面骑士Ghost并得以九十九日短暂的生命复苏。为收集实现复活愿望的「15位伟人」眼魂，投身于影响世界命运的战斗中。
有着人类少女的样貌，却不同于人类的存在――精灵。 她们拥有强大的能力，从邻界现身时，因为会伴随名为『空间震』的灾难，她们甚至被称为人类的天敌。 面对精灵的威胁，人类能采取的手段，是以武力歼灭，或是―― 『与精灵约会，使其娇羞』！ 五河士道能通过让精灵娇羞并亲吻精灵来封印她们的灵力。 靠着这个特异能力持续拯救人类及精灵们的士道身边，有股巨大波涛即将袭击而来。 身为世界屈指可数的巨大企业且想获得精灵力量的DEM社，为了夺取士道的性命，将大举来袭。 于是，士道记忆深处里的神秘少女现出原形―― 各种想法错综复杂，史上最大的战争即将开始。
