故事发生在一个名为楢崎町的小镇上，这是一个拥有着神秘魔法力量的神奇小镇，在小镇的天空中，永远都挂着一道绚丽的彩虹，而在传说中，神明会实现居住在这个小镇里的人们每人一个愿望。 天海春彦（泰勇气 配音）是从小到大都生活自镇上的青年，一天，班上来了一个名为深峰莉子（清水爱 配音）的转校生，让春彦没有想到的是，这个女孩竟然是自己的义妹，他们在年龄很小的时候分开了，想不到命运的红线令两人于此时此刻重逢。莉子的出现让春彦的青梅竹马木之坂雾乃（宫崎羽衣 配音）感到了强烈的危机感，她一直默默的喜欢着春彦。
时间为2138年。曾卷起一大风潮的虚拟现实体感型网络游戏《YGGDRASIL》即将迎来停服。玩家飞鼠在曾经以同伴和荣华自傲的根据地纳萨力克地下大坟墓，独自一人安静等待着那一刻。 但是，不料发生了“过了结束时间却还没有登出”的异常事态。NPC们开始以自己的意志行动，不止如此，纳萨力克之外展开了从未见过的异世界。飞鼠为了寻找过去的同伴，以公会名安兹·乌尔·恭自称，决定在异世界扬名立万。他与宣誓绝对忠诚的部下一同，向新的地域进军。
雷土吏子与后辈野间潜入犯罪组织的公寓。伪装成新婚夫妇的两人，被犯人怀疑没有夜晚必备声音。于是野间为了让犯人觉得是一对恩爱的夫妇，开始触摸吏子的身体——！？
坂本拓真（水中雅章 配音）在游戏中的名字是迪亚布罗，操作技巧十分高超的他实力可怕，是被别的玩家称之为“魔王”的存在。一场意外中，拓真竟然真的来到了游戏中的世界里，在那里，他遇见了塞拉（芹泽优 配音）和雷姆（和气杏未 配音）两名女子。两人同时对拓真释放了驯服召唤兽的奴隶法术，没想到却遭到了反噬，本来想要奴役拓真的两人，反倒成为了拓真的奴隶。 这尴尬的情况让拓真感到十分为难，因为拓真虽然拥有着高强的法术，但却十分不擅长和女孩子打交道。活泼开朗毫无戒心的赛尔维（大久保瑠美 配音）、外表温文尔雅内心却十分腹黑的艾丽西亚（原由实 配音），接二连三出现在拓真身边的，是这些可爱的女孩子们。
平凡的大学生·野本裕也，与神秘少女·瞳相遇了。
在没有人烟的废弃场，野本目击到了她变成野兽的模样，与狮子怪物展开死战的一幕。他们的真实身份，是同时拥有人类的头脑与野兽的獠牙的“兽斗士（Brute）”。并且，瞳是隐藏着最强斗争本能的兽斗士“蜜獾（Ratel）”。
兽斗士们被自古以来支配日本经济的四大财阀三门、八菱、角供、石田所雇佣，并作为其代理人展开决斗，争夺霸权。之后，野本通过再次与瞳相遇，被卷入了这些兽斗士们的炽烈战斗“牙斗（Killing Bites）”当中——。
动画《Fate/Grand Order 绝对魔兽战线 巴比伦尼亚》改编自同手游剧情第7章。第七特异点——绝对魔兽战线 巴比伦尼亚!本次圣杯探索的舞台为神代，世界最古老的都市文明，魔兽栖宿的乌鲁克之地。第七特异点位于公元前2655年，人类和神明决裂的最初时代。「三女神同盟 」相互勾结要将人类引向灭亡。吞噬乌鲁克的毁灭预言。直面绝对的终焉，最惨烈的战斗已经揭开序幕!
