故事中这位嘴中叼着雪茄的欧吉桑，为了对抗暗黑神阿利曼，在光明神阿弗拉的指引下必须寻找5位宿命中人，只有集齐6人之力才能对抗宿敌“水晶男孩”。
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樱花飞舞的春天，前往学校途中的少女风浦可符香，发现在樱花树上吊的男子。匆忙之下将男子救下的她，却得到了“真死了怎么办？！”的奇怪质问。面对这名超消极男子，乐观的可符香提出了“上吊的人只是想增高”的无厘头解释，并以“桃色部长”的花名称呼这名男子。 离开男子的风浦可符香来到教室，却发现刚刚见面的男子，正是学校来的新教师——糸色望。因汉字合起来是“绝望”而被学生称为“绝望老师”的望、口头禅是“绝望了！对xx的世界绝望了”。他与2年へ班32名学生的爆笑校园生活就此开始。
在世界的角落里，有着这样一种生物：它们下等且奇怪，不同于任何动植物，有自己的生命形态以及生存方式。自古以来为人类所敬畏，不知何时开始，被称为“虫”。“虫师”这个职业便应运而生，他们对虫进行研究，并接受人们的委托，解决由虫引起的奇异事件。故事主人公银古（中野裕斗 配音）就是这样一名四处云游的虫师，这一次，他要解决的是一种叫“蚀日”的虫。 近日里，各地均发生了日蚀现象，在太阳光被遮掩的时段里，虫会躁动，因此有可能引发各种问题，有人会受虫气所害，变得畏惧日光或者失眠，有人甚至会身影消失。而最让银古担心的，是由“蚀日”引发的一种棘手的异常现象……
在死神界有留克的死神追加了讲述月亮的场面。伊出不登场。随着夜神总一郎心脏病发作的场面被删除，他在第二次基拉事件时看电视的地方也从医院的病房变成了街头。月和L的初次见面的地方变更为放映室。L想到了基拉对第二个基拉的回答。松田误入松柏集团会议室时做弥撒的地方，从工作间改到搜查本部的房间。在雷姆消失的场面中，留下雷姆笔记本的描写和月亮拾到笔记本的描写被删除，第三本笔记本的情节全部被省略，与《光环2》相连接。L的墓前，追加了日本搜查本部的成员宣誓的场面。部分干部的死因，从心脏麻痹一律改为个别死因。三堂从建筑物坠落死亡。纸村伫立在车站的铁轨上，被电车轧死。奈南川是交通事故。
