沐浴后能致死的剧毒之雨“Blue Cyst”所导致的大灾难“新月之泪”。在那之后经过100多年的时间，人类终于开始走上了克服这一灾难的道路。在荒废世界的村落“Nest”中坚强生活的人们身边，发现了搭载类双对思考型AI的类人“梅加斯”的身影。 时间是公元2242年，失去记忆而沉睡的梅加斯，迎来了觉醒的时刻一-
在一个远离都市喧嚣、为青山绿水所环绕的乡村，当地的旭丘分校仅有四名学生。越谷家的兄妹三人，分别是中三的卓、中二的小鞠（阿澄佳奈 配音）和中一的越谷夏海（佐仓绫音 配音），另有宫内家的小女儿小一的莲华（小岩井ことり 配音）。莲华的姐姐一穗（名冢佳织 配音）是分校的唯一教师，因学生稀少，因此四人和在一个班，日常课程也全部以自习为主。在某个晴朗时节，正读五年级的东京女孩一条萤（村川梨衣 配音）因父母工作的关系搬到旭丘。对喧哗吵闹的都市节奏习以为常，风格迥异的乡村生活带给萤萤前所未有的新奇体验。虽然有着诸多不便，但在这个时间仿佛凝滞的所在，悠然自得的好心情慢慢升起…… 本片根据あっと的同名漫画改编。
在死神界有留克的死神追加了讲述月亮的场面。伊出不登场。随着夜神总一郎心脏病发作的场面被删除，他在第二次基拉事件时看电视的地方也从医院的病房变成了街头。月和L的初次见面的地方变更为放映室。L想到了基拉对第二个基拉的回答。松田误入松柏集团会议室时做弥撒的地方，从工作间改到搜查本部的房间。在雷姆消失的场面中，留下雷姆笔记本的描写和月亮拾到笔记本的描写被删除，第三本笔记本的情节全部被省略，与《光环2》相连接。L的墓前，追加了日本搜查本部的成员宣誓的场面。部分干部的死因，从心脏麻痹一律改为个别死因。三堂从建筑物坠落死亡。纸村伫立在车站的铁轨上，被电车轧死。奈南川是交通事故。
