第二季的故事是发生在第一季的故事结束后三年，爱良等人从Pretty Top演艺学校结业并学有所成，之后有了全新生力军的加入，包含了玲奈、果铃、彩海三人组成的团队“三棱镜伴侣（Prism Mates、プリズムメイツ）”，与后来加入的美爱，演变成四人明星团体“Prizmmy☆”并走上成名之路；后来有来自韩国的五位女性留学生加入了Pretty Top演艺学院，并与Prizmmy☆四人连袂演出。
2010年11月“β世界线”——主人公·冈部伦太郎跨越无数的苦难与悲哀，终究还是放弃拯救“她”的世界线。跌落失意谷底的冈部伦太郎。担心着他的同伴们。没能得到拯救的“她”将会变得如何？迎来新的角色，描绘而成的“零”之物语。
江户时代末期，在那场惨烈的战争结束后，幕府认输了，天人逐渐渗透到了江户居民的生活当中去，武士道的精神在慢慢衰落，当年骁勇善战的攘夷志士们，也都隐姓埋名得过起了隐居的生活。为了维持父亲的道场，志村新八（坂口大助 配音）和姐姐志村妙（雪野五月 配音）不得不辛苦的工作。为了生 存，在跋扈的天人面前，新八必须忍辱负重。某天，一个自然卷白毛的出现改变了新八的生活，他狠狠教训了欺负新八的天人，却也害得新八丢了唯一的工作。气急败坏的新八追随他的脚步来到了位于小酒吧二楼的“万事屋”，随后他发现，“万事屋”的老板，这个叫做坂田银时（杉田智和 配音）的男人，尽管表面上悠闲懒散，但是却有着一颗“坚决贯彻自己的武士道”的正直的心。银时雇佣了新八，在此之后，对这个时代彻底失望的新八渐渐认识了围绕在银时周围的，善良而美好的人们。 动画片改编自漫画家空知英秋的同名漫画，动画一经播出，立刻引发了“银魂”热潮，开创了“吐槽”与“热血”并存的新的动画类型。
大古是一个憧憬着电视节目《奥特曼》中的奥特曼形象，梦想是有朝一日能成为宇宙船船长的平凡少年。 现在还在逐渐成长中，目前只是横浜市观光课的一名普通公务员。 没错，本作的舞台是和之前的昭和·平成系列毫无联系， 平行存在于现实世界中的横浜。 幼年时憧憬着成为职业棒球选手的飞鸟，现在是横浜体育场的一名球童。 阿良也作为飞鸟的同事而不断支持着他。 把“开发出大古梦想所能够驾驶的飞船”作为理想目标的我梦， 目前和敦子一同作为横浜MaliTime博物馆的实习生而奋斗着。 就在同时，为追赶超越了时间和空间的格斯拉王，梦比优斯奥特曼出现在了横浜港。 他是唯一一个知道降临在我们世界的这一切的引导性角色。 「让７名勇者再次觉醒、并一同去打倒侵略者」 出现在梦比优斯面前说着这么番话的穿着红鞋的少女究竟是？ 随着格斯拉王的出现、在山下码头也同样出现了庞敦王。 那是曾一度打败赛文奥特曼的强敌。 和在横浜体育场工作的飞鸟，在横浜MaliTime博物馆工作的我梦， 以及大古这３人相聚在一起谈论年幼时的梦想和将来的打算， 期待着未来和他们擦出的火花吧。 早田、团、乡、北斗这４人也同样只是普通的人类。 并且也分别和秋子、安奴、秋、夕子结了婚，拥有了各自幸福的家庭。 《迪迦奥特曼》第２６话《彩虹的怪兽魔境》中登场的刚力怪兽希尔巴贡， 第３６话《超越时空的微笑》中登场的超力怪兽哥尔德拉斯， 都以希尔巴贡王和哥尔德拉斯王的身份复活了。 两只都是与时间和空间有关的怪兽，出现在这个世界也合情合意。 在与未来的谈话中，大古更加确信了自己的目标。 但是当从未来口中得知「穿着红鞋的少女」时，大古曾一度淡忘的记忆再次苏醒。 还是孩子的他，当时也曾见过穿着红鞋的少女。 将怪兽召唤至这个世界的幕后元凶，地狱星人超级希伯利特星人出现了。 当他把梦比优斯变成青铜像后准备大肆破坏之时， 从未见过的奥特曼出现了， 他的名字是「迪迦」！ 昭和宇宙人和平成奥特曼激突！
