在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
古药大陆，万族林立，丹师为尊，阴阳丹神苏北皇为炼神丹耗尽心血却被红颜暗算，与丹药融为一体隐藏百年。百年后，其子孙苏北天受辱，仍顽强抵抗，意外获丹神传承，霸气归来！觉醒冰火双系武脉，重修炼丹神术，成就少年英雄。随着调查母亲失踪的真相，一桩桩阴谋也逐渐浮出水面。且看苏北天历经劫难，勘破武道之极，成就丹道至尊！
各路敌手齐聚浔阳城，意欲袭击身受重伤的苏离，陈长生无视华介夫的劝告，决意拼死护卫为保护人族而负伤的苏离；陈长生在用燃剑、慧剑战梁王孙的同时，终于学会笨剑，成功抵挡肖张，但自此烧尽真元，失去战斗力，所幸王破出现，绝地反击肖张和梁王孙.......
赵放带着游戏系统来到了异世界，发现自己是一个被废了武功的废物少爷，身边只有一名侍女跟随。面对困境，赵放反而觉得展现自己的时机到了。拥有资深游戏经验的赵放，成功找到了系统BUG，拼命刷等级，历尽艰险，进入无数秘境，完成各种系统安排的任务……
斗魂圣地一战之后，为了拯救枯萎的灵界灵树，六支浇灌灵树灵液化作灵树之种，由紫染苍麟带回灵界的灵树圣地栽种。 谁知两人在圣地却遭到月族长老镜影花的袭击，镜影花欲吸收灵树之种的力量完成自己的野心，在苍麟拼死牵制下，紫染带着灵树之种开始逃亡，在被追杀途中意外碰到了从地界过来灵界的斗魂卫张山峰一行人。 得知镜影花要吸收灵树之种然后反攻地界的野心，斗魂卫一行人决定要保护紫染回灵树圣地种下种子。
由狗统治的汪财星和由猫统治的喵美星都想和星星球建立联盟，于是各自派出亲善大使来星星球考察，并想办法拉拢星星球人。汪财星和喵美星是两个敌对的星球，他们同时来星星球的目的除了和星星球加强交流外，另一个原因就是为了不让对方好过。他们常常针锋相对，不断引发矛盾。超人们在继续守护星星球的同时，还必须防止汪财星人和喵美星人的争端引发星星球的危机。同时，两个大使的孩子就读超星学院，两孩子之间的争斗给校园增加了许多麻烦。
