该动画片讲述的是三年级小学生小米有许多烦恼和愿 望，他独自对着星空许下心愿，被偶然路过的流 星型宇宙人阿哟听到。阿哟拥有在各个星球之间 瞬间穿梭的能力，可以帮助别人实现不同的愿 望。小米把阿哟当作伙伴带回自己的家。从此， 三年级小学生小米的生活开始变得不再平凡，阿 哟通过自己的超能力，穿梭于宇宙之间，不断帮 助小米实现各种小小心愿。
异世界帕拉尼来袭，和平的拉贝尔遭到攻击。在入侵者伊赛德斯的强攻下，守护拉贝尔的节气守护结界被打破，二十四节气散落失踪。为了拯救拉贝尔，同时也为了解除帕拉尼的黑暗危机，新一代的花仙魔法使者雪城爱与帕拉尼王子埃里克一起，来到地球，收复散落的节气花信。
这个世界是存在异人的。刚刚接触异人世界的张楚岚，加入了管理异人的组织“哪都通”。为了解开爷爷和自身的秘密，张楚岚和冯宝宝一起前往龙虎山天师府参加异人界的盛会——罗天大醮，并与众多异人高手对战。
古神之地后，修魔内海永夜魔城一夜崛起，为拓展领地，不断对修魔海周边宗门下手，其中也包括了李慕婉所在云天宗。李慕婉在护门大战中身中奇毒，性命攸关，王林得知此事后，携其再次闯入修魔内海，王林以化神初期修为力战三大城主，名震修魔内海，带回解药救下李幕婉，却发现危机并未解决，千年阴谋浮出水面。最终凭借二人情愫及化神后首次与古神之身合体，联手斩灭魔尊。
《神兽金刚3超变星甲》是神兽金刚第三季作品。剧情延续神兽金刚2天神地兽。
