叶修成立兴欣公会，在第十区的公会斗争中大获全胜，创纪录地50级杀入神之领域，银武千机伞吸引了众职业选手们注意。嘉世视叶修为眼中钉，进入网游挑衅，却被叶修狠狠挫败。 叶修开始为成立战队做准备——拾荒混战中，结识拾荒高手毁人不倦；遭到各大俱乐部通缉，却与蓝雨前队长魏琛重逢；卧底霸图公会，发掘出牧师小手冰凉的才能。就在叶修率领新成员们，为参加挑战赛而努力训练的同时，嘉世的赛绩竟一落千丈，濒临出局！ 一旦嘉世出局，便会成为兴欣踏入职业圈的最大劲敌！叶修与嘉世老板陶轩，两位旧友的矛盾一触即发！
夜晚，洛洛在家里玩电脑游戏，突然落雷击中大厦，洛洛被传送到一个陌生的世界里。醒来之后，洛洛发现自己竟呆在一个以他最喜欢的机战游戏作为背景的虚拟世界。过不多久，茫然的洛洛就遭到猛兽族黑铁兽的袭击，差点小命不保，幸好时光之城的大将霹雳火及时出现将他救下，才避过猛兽族的追杀。洛洛与霹雳火结识成为朋友了，命运滚轮的转动无法避免，机战世界开始书写新的章程。
四大宗门之首的玄灵宗，多年来第一次来临水城选拔弟子，方秦两家围绕这一个将决定二者命运的契机，展开明争暗斗。最终，秦南依靠潜心修炼、绝佳天资以及奇遇所得的战神之魂，在使者萧轻雪的公正判罚下，成功扭转颓势战胜方家。进入宗门后，秦南因卷入萧轻雪被逼婚一事，惹来宗主之子欧阳君的仇视。为了不断变强，报答萧轻雪的知遇之恩，秦南屡破强敌，连夺万象大比、外门大比第一、与四大宗门天才共闯武缘阁，并获得搅动大陆的惊天秘密，与冷锋约战生死殿、破北海家围困临水城之难，探索九字真言塔，誓与宗门恶势力战斗到底。
《神兽金刚3超变星甲》是神兽金刚第三季作品。剧情延续神兽金刚2天神地兽。
