收复玉龙国、打败天地盟主之后，神兵小将们继续过着和平的生活。 可好景不长，黑暗的势力一刻都没有停止他们的野心，元始天魔把琉璃国的国王变成了黑暗的傀儡（玄天邪帝），并且开始了对玉岛国（玉龙国的姊妹国）进行了侵略。玉岛国元首玉燕的首席侍卫宗主的女儿灵剑双子奉命驾驶女娲星船到玉龙国接南宫逸去支援，没想到南宫逸不在家，反而把问天、问雅、小龙和天晶兽接了过来，玉龙国元首知道了这件事，马上用水晶球通知其他的神兵小将到玉岛国帮助问天，一场正邪大战又开始了......
本季主要讲述了在始祖灵兽利用无尽能源替布莱克驱逐了体内的黑暗力量后，无尽能源便消失了，正当SPT 小队感到失望时，派特博士无意上发现了幻影金刚的芯片中记录着关于阿瑞斯水晶的传说… 于是战神联盟在SPT的协助下踏上了寻找阿瑞斯水晶的征途，在经历重重磨难，战神联盟终于扫平了阻碍，战胜了也想染指水晶的海盗和邪恶精灵，最终在一场公平的对决后，雷伊以实力最终赢得了阿瑞斯水晶，帮助赛尔们找回了无尽能源。
本美术片改编自鸦片战争之后、义和团运动之前流传于渔民间的故事。 帝国主义占领了中国的港口，不准渔民出海打鱼，然而渔民仍要交渔税。老渔夫迫于生计，在一个风高浪急的雨夜，冒险越过封锁线出海捕鱼，可是忙活大半夜，只网到一个画有渔童的汉白玉鱼盆，他没想到的是，该鱼盆竟然是个宝物，夜里他熟睡时，渔童从盆里跃出来开始垂钓，为他“钓出”许多又大又亮的珍珠。第二日，老渔夫拿珍珠去市集上售卖，向众人讲述了这件神奇的事，洋教士听到并偷偷地见识了这件宝物后，妄想将其霸占。
少年刘横顺，因崇拜九河城镇安司司长段林，一心想做惩恶扬善的少年英雄。但由于身患“灶病”，因此处处受到段林的限制。中元节河灯会，牵扯出白亭山悬而未决的祭子团大火惨案，刘横顺、杜帅、孙小臭三人决定夜探白亭山，发现藏身于此的魔古道圣女小白，在一番对峙交锋后，刘横顺得知十年前的大火并非意外，而幕后黑手烟斗男的出现，使得案件变得扑朔迷离，真相越来越远……
