在艾倫他們居住的帕拉迪島之外，還存在一個其他人類居住的世界。當中一個國家「瑪雷」與其他各國爆發戰爭。陷入苦戰之際，他們決定要攻進帕拉迪島，把「始祖的巨人」搶過來。在這裏又看到另一羣孩子們拼命求生存的身影……。
汤川好藏是一名狂热的温泉迷，他也是一位能利用嗅觉嗅出温泉源泉的温泉猎人。某天，为了振兴小镇而寻找秘境温泉的好藏不慎从悬崖滑落。因此丧命的他，却转生到了异世界！而让他转生到异世界的，是一个悄悄留存在岩洞里的小神社的稻荷神。于是，好藏与稻荷大人的使者姬茧玉小姐一同来到了异世界。好藏身上的温泉猎人之血立即沸腾起来，找到了温泉，并与茧玉小姐一同入浴。就在此时，一位精灵少女出现了……
在某个平凡的夏日，东京遭到了炸弹恐怖袭击。导致日本从平稳的睡梦中惊醒的犯人，仅仅是两个少年。自称为“斯芬克斯”的犯人们，将把全日本卷入一场壮大的游戏。
少女小说家的高代槙生在姐姐夫妇的葬礼上，面对被亲戚们互相推诿的姐姐的遗孤·朝无法视而不见，顺势决定收养她。但是把侄女带回去之后，不善交际的槙生才发现自己不适合和谁一起生活。于此相对，不认生的朝面对“不像大人的大人”的槙生却也坦率的接受了。女王和如小狗般侄女就此展开了同居生活……
真選組魔鬼副長——土方十四郎的身邊來了一個名叫佐佐木鐵之助的二打六。 這位鐵之助雖然來自幕府中菁英輩出的名門——佐佐木家，卻是個眾人束手無策的問題兒童，被各署踢嫌棄，最後被送來了真選組。 面對態度輕浮的鐵之助，土方雖然感到煩躁，卻還是努力保持理智，一直照顧他。就在某一天，遇見了在警察當中算是集結了眾多菁英的組織「見迴組」的局長——佐佐木異三郎。異三郎是鐵之助同父異母的哥哥，卻藐視鐵之助，叫他「不成材」或「二房之子」。 土方聽了動怒，直接挑釁異三郎。 因為他將找不到容身之處的鐵之助，與曾經是無可救藥的自己重疊在一起。 鐵之助得知了土方的過去，洗心革面，下定決心要以土方為目標，變得更強。 土方託付他幫忙寄送重要的信件，鐵之助全力要完成任務，卻在路途上被激進攘夷集團——知惠空黨綁架了。 他們的目的是抓走與警察有關係的鐵之助，當作人質，一口氣擊垮真選組與見迴組。 然而見迴組毫不理會人質，擊潰知惠空黨，甚至還企圖將責任全推到託付了鐵之助的真選組。 知道他是為了將知惠空黨一網打盡，將自己的弟弟當作道具利用，使土方激動不已… 真選組與見迴組即將爆發全面戰爭！！
