一个叫Humarize的神秘团体坚信怪癖奇点末日理论，该理论认为，当怪癖与后代进一步融合时，这种力量将带来人类的终结。为了拯救每一个人，世界各地的职业英雄们要求训练中的UA学院英雄们协助他们，组成一支世界经典的英雄选拔队伍。在我的英雄学院发生的最危险的危机中，拯救世界和英雄的未来取决于英雄们。
作为侯爵家的四子诞生的少年范恩自幼便被称为神童，备受期待。8岁时，他获得了被认为是毫无用处的「生产系魔术」。因此，他被父亲认为不配作为贵族，并遭到家族流放。因此，范恩被父亲认为不适合作为贵族，并被贴上失格的标签，随后被逐出家门。之后，范恩成为了一个无名边境村的领主，然而这个看似没用的生产系魔术，其实只要有材料就能生产任何东西，潜力惊人。在范恩的带领下，原本贫瘠的小村庄逐渐吸引各方人士，最终发展成为一座巨大的都市。
从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」，被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。 在社会获得显著发展的背后，恐怖的怪物出现了。 吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。
