香格里拉边境

　　伴随着“空间震”这一前所未有的灾害，出现了一些称为“精灵”的神秘少女，对于拥有压倒性力量、被称为灾难的她们，数十年间，人类从未停止对抗她们的步伐。
　　人类通常采取的措施是用武力来歼灭她们，或者是——
　　“与其约会，使其娇羞”！
　　让精灵娇羞，再通过“接吻”即可封印其力量，并转化为自己的力量。拥有这种能力的高中生五河士道，为了人类的和平，也为了拯救精灵们，从而展开了和她们之间的“约会”。士道平时要抑制曾将精灵们卷入斗争的强大灵力，有时为了保护她们也会使用这股力量，通过这样的方式，士道把夜刀神十香等精灵们一次次从危机中解救出来，人类和精灵之间的关系以及处理方法也在悄然改变……
　　同时，也有一些组织使用与士道所在的”拉塔托斯克“不同的手段，与精灵们对峙。
　　短暂的平静即将被打破，士道等人的战争（约会）又要开始了——

野矢一树是海老栖川高中的新生，想加入天文部的他却误打误撞加入了名为天闷部的女子集团，故事由此展开……                        

　　《游戏王-怪兽之决斗》改编自漫画《游戏王》，于2000-2004年之间在东京电视台播出。故事以漫画剧情为主，但因为中途漫画故事情节进度跟不上，故加插大量漫画没有的剧情和人物。此举为脱离“原作”独立创作故事奠定下基础。                                    
                               　　决斗者王国篇                                    
                               　　一卷神秘的录像带，千年神器中千年眼的拥有者，贝卡斯·J·克罗佛多在录像带中使用黑暗决斗向武藤游戏挑战，但武藤游戏却因为时间终止而败北，武藤双六的灵魂也因此被千年眼的力量封印在灵魂封印卡中（漫画版为贝卡斯寄给游戏的录像带），武藤游戏为了救回灵魂被囚禁的爷爷，与伙伴们前往决斗者王国找贝卡斯决斗，与互信的伙伴们以及心中的另一个自己并肩作战。                                    
                               　　战斗城市前篇                                    
                               　　决斗者王国一战结束，武藤游戏的知名度瞬间上升，神秘的埃及石板来到日本展览，牵扯出千年神器的秘密、三千年前的战斗、三张神之卡，还有隐藏在千年积木中的无名法老王的记忆，海马濑人在一个机缘下得到了神之卡的其中一张：欧贝利斯克的巨神兵，而他为了得到剩余的二张神之卡，在童实野市举办了战斗城市大赛，并且以赌牌当作规则，同时新的次世代决斗盘也跟着亮相，而武藤游戏为了寻找心中的另一个自己的记忆，也就是无名法老王的记忆，必须搜集三张神之卡，也参加了这场大赛，各路好手为了搜集六张拼图卡，得到最后的参赛权，纷纷展开决斗；神秘的古鲁斯集团派出的蕾雅卡猎人也参杂其中。                                    
                               　　乃亚篇（动画原创）                                    
                               　　战斗飞行船行驶人工岛的途中，飞行船系统却遭受到外来的入侵改写了系统，因而改变了航线，阻挡在武藤游戏等人面前的这个巨大机动要塞究竟是什么？而又出现了神秘的人，自称是“五巨头”，他们还要武藤游戏等人的身体，一场赌上各人性命的决斗，而他们又发现五大老的头，叫乃亚的小孩，却是刚三郎（海马的养父）的儿子！！一场大战即将展开。                                    
                               　　战斗城市后篇                                    
                               　　战斗城市最终决战开始，每个决斗者都各自有战斗的理由，城之内为了成为真正的决斗者、救出被马利克进行黑暗游戏惩罚的孔雀舞，海马为了与宿敌游戏决斗、为了铲除可恶的古鲁斯首脑并得到太阳神、为了完成海马乐园的梦想，游戏为了实现与城之内的诺言、与海马宿命的对决、救出被暗马利克施予黑暗游戏惩罚的人们、更为了自己遗失的记忆，他向马利克宣战。                                    
                               　　多玛篇（动画原创）                                    
                               　　战斗城市结束后，武藤游戏遭受到了不知名力量的阻挡，而三张神之卡也被名为多玛三剑客的人抢走，这个神秘的多玛组织抢走神之卡的目的究竟是什么，神秘的卡片——“奥利哈刚的结界”拥有的黑暗能量，又会带给使用这张卡片的人什么样的改变；黑魔导女孩从精灵的世界降临，向武藤游戏请求援助，人类世界与精灵世界的命运会如何，无名的传说之龙又会怎么样的帮助游戏等人。                                    
                               　　海马集团大赛篇（动画原创）                                    
                               　　多玛事件结束后，武藤游戏和同伴因没钱回不到日本，无奈之下请求海马公司，却阴差阳错的参加了海马集团为维护声誉的比赛。全世界的决斗者聚集在这，一场别开生面的比赛就此展开。                                    
                               　　王之记忆篇                                    
                               　　为了寻找寄宿在千年积木中无名法老王灵魂的真实姓名与记忆，武藤游戏与朋友们踏上了埃及之旅，在记忆石板的背后，解开了无名法老王的过去记忆，暗貘良也趁此时蠢蠢欲动，利用了千年智慧轮的黑暗力量，在千年积木内进行了一场黑暗RPG，这场黑暗RPG游戏中，直接以无名法老王的记忆当作背景，暗游戏必须从这场黑暗游戏中找回自己的真实姓名、得知自己的过去，并且打败大邪神佐克，再一次封印，否则大邪神佐克也会在现实世界中复活。                                    
                               　　共有224集。