在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……
電脳仮想空間（ディメンション）内で、ガンプラを使用した様々なミッションを楽しめる最新ネットワークゲーム「ガンプラバトル・ネクサスオンライン（ＧＢＮ）」。中学生のミカミ・リクと親友のヒダカ・ユキオは同級生のヤシロ・モモカを巻き込んで、その広大な世界へと飛び込んだ。ＧＢＮ内の住人「ダイバー」となった彼らは、ガンプラに対する不思議な感性を持つ少女サラと出会い、彼女と共に行動することになるが......。 リクにとって憧れのチャンピオン「クジョウ・キョウヤ」を始めとした有名ダイバーの存在。複数のダイバーで構成された部隊システム「フォース」の結成。非公式ツール、ブレイクデカールを扱う「マスダイバー」達による妨害。多くの出会いと経験を経て、リク達はガンプラだけでなく、自らの冒険をもビルドしていく！
断罪塔的惨剧过后，格里菲斯成功受肉在现世复活，但当格斯亲眼目睹格里菲斯复活时，内心产生了极大的动摇。接着由于这个边境之地产生龟裂，令世界的形态开始崩溃。
＂超新星＂是为了对抗宇宙生命实验集团＂灭司＂，而由五位闪光星人抚养长大的地球人所组成。而这5人也是生命实验的幸存者。＂超新星＂的是首次出现第2机械人的战队。
