故事发生在炎帝、黄帝所在的蛮荒时代。正值群雄逐鹿中原之际，天下公认的领袖——神农帝去世，金、木、水、火、土各族群雄皆蠢蠢欲动。波涛暗涌的时代中，少年拓拔野横空出世，在机缘巧合下得到了神农帝临终传承，开始了一段惊心动魄的传奇历程。
动画舞台设定在1999年、14岁的明智安娜从2027年穿越回1999年的真未来市、在那里她结识了同为14岁、憧憬成为名侦探的少女小林未来、两人目睹了幻影怪盗团夺走人们珍贵之物、令众人陷入困扰的情景后决定挺身而出，变身为名侦探光之美少女。
基因石被毁，不料基因石能量逸出，飘散到地球各处，引发了异常现象：森林树木变得更茂密，湖泊海洋闪发着光，电力强化导致设备爆炸。由于基因源事故，武装战士变成变形机甲、生物进化为虫族、浩肯星人异化为变异战士，故事从变形机甲、机甲兽和变异战士三方之间的斗争展开。
