皇九子赵构在南京应天（今商丘）匆忙登基，群臣都期待这个有英武之名的新皇能够率军抵抗金人的侵略。但短短三个月后，赵构就开启南下逃亡之路。 不过刚一启程，这位赵官家就在亳州明道宫一头栽入了水井中，起来后就谁都不认识了！
基因石被毁，不料基因石能量逸出，飘散到地球各处，引发了异常现象：森林树木变得更茂密，湖泊海洋闪发着光，电力强化导致设备爆炸。由于基因源事故，武装战士变成变形机甲、生物进化为虫族、浩肯星人异化为变异战士，故事从变形机甲、机甲兽和变异战士三方之间的斗争展开。
饕餮大军降临天河市，雄兵连奉命出战。在开战惨遭先手的情况下，有序重新组织队伍组织反击，以南海舰队的全部火力一举击沉饕餮先头部队的主力火力舰后最终取得胜利。 但与此同时，天使集团、恶魔集团的行动渐渐浮出了水面，世纪大战一触即发！
