虽然说青春期的男孩子对女孩子感兴趣是极为正常和健康的事情，但少年横寺阳人（梶裕贵 配音）显然已经超出了正常的范围，在他的脑子里，除了妹子外别无他物，就连加入田径社这么热血的事情，也只是因为可以看见游泳社的女孩子们穿泳装。田径社社长似乎想把自己的位子传给阳人，而阳人温吞的性格导致他根本无法拒绝。 当好友告诉阳人向不笑猫像许愿可以解决烦恼的时候，阳人仿佛看到了新的希望。在前往许愿的途中，阳人遇到了少女筒隐月子（小仓唯 配音），她也是赶来向不笑猫像许愿的。就这样，阳人和月子的愿望实现了，前者丢掉了“表面功夫”而后者再也说不出“真心话”了。实现愿望后的生活并不如想象般的美好，在吃尽了苦头之后，阳人和月子决定联合起来，誓要取回他们失去的东西。
梦见成为Prima的灯里，开始对自己早已熟悉了的日常风景开始感到困惑不安。即使梦醒之后这种不安仍然没有消除，灯里的脑子里慢慢出现了这样一个疑问：“为什么艾莉西亚会选择自己（进AIRA COMPANY）呢？”为了解答灯里梦中的疑问，艾莉西亚开始讲述自己的过去。慢慢的，灯里入社、AIRA公司的过往历史被一页页翻开。从创建AIRA的全能领航员奶奶开始，AIRA公司代代传承的东西和思想到底是什么呢？
独居于海边小镇的女高中生比名子，因为小时候家人遭遇事故丧命，自己也有了寻死的念头。一天、一位名叫汐莉的吃人人鱼出现在她面前……。2人的相遇究竟是会带来「破灭」还是「救赎」呢……。
真新镇的少年年满10岁之后，就可以得到训练神奇宝贝的资格。10岁的少年小智（松本梨香 配音）以成为最厉害的神奇宝贝训练大师为目标，即将踏上了修行之旅。小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选神奇宝贝的资格，无奈下他领走了一只被挑剩下的神奇宝贝——皮卡丘（大谷育江 配音）。皮卡丘又名电气鼠，虽然长相可爱，但性格含羞内向却又不亲近人类，稍有不满就乱放电电人，暴躁的脾气让小智吃尽了苦头。大木博士把神奇宝贝图和宝贝球作为践行礼物送给了小智。在小智和皮卡丘的前方，神奇宝贝的世界有许多谜题和探险在等着他们，迎接他们的到底是光明还是黑暗，小智能否如愿成为神奇宝贝大师呢？
