收复玉龙国、打败天地盟主之后，神兵小将们继续过着和平的生活。 可好景不长，黑暗的势力一刻都没有停止他们的野心，元始天魔把琉璃国的国王变成了黑暗的傀儡（玄天邪帝），并且开始了对玉岛国（玉龙国的姊妹国）进行了侵略。玉岛国元首玉燕的首席侍卫宗主的女儿灵剑双子奉命驾驶女娲星船到玉龙国接南宫逸去支援，没想到南宫逸不在家，反而把问天、问雅、小龙和天晶兽接了过来，玉龙国元首知道了这件事，马上用水晶球通知其他的神兵小将到玉岛国帮助问天，一场正邪大战又开始了......
斗罗联邦科考队在极北之地发现了一枚蛋，蛋里孵化出了一个小男孩。科学家夫妇收养了这个身世不明的男孩，为他取名“轩宇”。几年过去，蓝轩宇和养父母一起过着平静的生活。然而武魂蓝银草觉醒后，他身上却出现了越来越多的谜团。
