墨然是一名普普通通的学生，一天他突然发现身体里面出现了另一个灵魂，他也因此拥有了非比寻常的力量。
正魔大战已过去十年，张小凡化身鬼厉，在魔教内斗中征伐四方。此时死亡沼泽异宝出世，引得各方势力争夺，鬼厉与陆雪琪重逢，两人陷入了更深的爱恨纠葛。后鬼厉因下属失踪一事追查至焚香谷，意外救出九尾天狐小白，获得古巫族线索，最终鬼厉在历经九死一生后，终求得掌握招魂奇术的大巫师答应前往救治碧瑶，十年夙愿，究竟结果如何……
被众人嫌弃的沈霆摇身一变成超级天才，加入天澜研究院！
在兽型战士的联合攻击下，幕后黑手巴罗坠入了黑暗之门，猪猪侠和小伙伴获得了国王的嘉奖，人类与怪兽握手言和，童话世界恢复了和平。然而，巴罗并未丧生，他在黑暗之门获得了黑暗势力的支持，变得更加强大。巴罗接受了“摧毁童话世界”的新使命，不仅毁掉了五灵锁和怪兽研究社，而且其真实身份曝光后，兽型战士也陷入了难以抉择的境地，童话世界岌岌可危。失去了五灵锁的兽型战士们该何去何从？得知真相后，猪猪侠是否还能坚持战斗？危险正在靠近，信念正在动摇，童话开始崩塌，新的力量正在崛起……
《神兽金刚3超变星甲》是神兽金刚第三季作品。剧情延续神兽金刚2天神地兽。
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