皇九子赵构在南京应天（今商丘）匆忙登基，群臣都期待这个有英武之名的新皇能够率军抵抗金人的侵略。但短短三个月后，赵构就开启南下逃亡之路。 不过刚一启程，这位赵官家就在亳州明道宫一头栽入了水井中，起来后就谁都不认识了！
基因石被毁，不料基因石能量逸出，飘散到地球各处，引发了异常现象：森林树木变得更茂密，湖泊海洋闪发着光，电力强化导致设备爆炸。由于基因源事故，武装战士变成变形机甲、生物进化为虫族、浩肯星人异化为变异战士，故事从变形机甲、机甲兽和变异战士三方之间的斗争展开。
拥有着7000年历史的萨格大陆继续风起云涌。立志要做最伟大魔晶猎人的小裁缝千瑞，在魔晶学院不断卷入阴谋的漩涡。一步步接近真相的代价竟然是要牺牲自己无比信任的朋友和恩师！徘徊在绝望中的千瑞和他的伙伴们到底该何去何从。
