三位小魔仙希雅、海昕和夏凡在化解了海萤堡的灾难后，回到人类世界-悦悠岛，成为了海洋保育馆的见习保育员。在保育馆的见习生活中，她们学习了解到各种海洋知识，并积极参与到救助海洋生物的行动中。 然而，一个自称“铁鹰战队”的神秘团队突然造访悦悠岛，利用各种高科技装备，四处捕捉各种海洋生物。这一切原来是精于制造各种机器的幻仲博士在幕后指使的，希雅、海昕、夏凡三人随即用魔仙力量与之展开一场保护海洋生物的战斗……
上古神兽貔貅皮皮来到了人间，为了躲避人类追捕，逃到了好友四不像开的专门帮助神兽的鹿人店，并结识了一群来自四面八方，性格各异的神兽，开始了远离人烟，轻松惬意的日常。
四大宗门之首的玄灵宗，多年来第一次来临水城选拔弟子，方秦两家围绕这一个将决定二者命运的契机，展开明争暗斗。最终，秦南依靠潜心修炼、绝佳天资以及奇遇所得的战神之魂，在使者萧轻雪的公正判罚下，成功扭转颓势战胜方家。进入宗门后，秦南因卷入萧轻雪被逼婚一事，惹来宗主之子欧阳君的仇视。为了不断变强，报答萧轻雪的知遇之恩，秦南屡破强敌，连夺万象大比、外门大比第一、与四大宗门天才共闯武缘阁，并获得搅动大陆的惊天秘密，与冷锋约战生死殿、破北海家围困临水城之难，探索九字真言塔，誓与宗门恶势力战斗到底。
斗魂圣地一战之后，为了拯救枯萎的灵界灵树，六支浇灌灵树灵液化作灵树之种，由紫染苍麟带回灵界的灵树圣地栽种。 谁知两人在圣地却遭到月族长老镜影花的袭击，镜影花欲吸收灵树之种的力量完成自己的野心，在苍麟拼死牵制下，紫染带着灵树之种开始逃亡，在被追杀途中意外碰到了从地界过来灵界的斗魂卫张山峰一行人。 得知镜影花要吸收灵树之种然后反攻地界的野心，斗魂卫一行人决定要保护紫染回灵树圣地种下种子。
莫家庄里，金光善的私生子莫玄羽献舍成功，随着一句在此恭迎夷陵老祖魏无羡，魏无羡得以重生。重生后的魏无羡必须满足莫玄羽的三个愿望才能不被诅咒反噬，在机缘巧合下，凶尸将莫家庄少爷莫子渊、随仆阿童、莫夫人等先后杀死。但是凶尸力量强大，虽然魏无羡暗 地里帮助蓝愿与蓝景仪驱除凶尸 却依旧苦难重重，就在魏无羡要绝杀的时候，蓝湛赶到压制住了鬼手。 时隔13年，蓝湛和魏无羡再次见面了。魏无羡骑着小苹果慌慌张张地逃跑，不曾想却遇到金陵和江澄、以及鬼将军温宁。为了解除鬼将军带来的危机，魏无羡吹响竹笛将其制服。因为鬼将军只有夷陵老祖魏无羡才能控制，所以魏无羡的身份受到质疑，蓝忘机索性直接将其带回了云深不知处。
《神兽金刚3超变星甲》是神兽金刚第三季作品。剧情延续神兽金刚2天神地兽。
