东京都中央区月岛。从江户时代开始至今已有400多年历史的“高耳神社”。被祭祀的神明，是从异世界召唤来的、完全家里蹲的精灵爱尔达。侍奉神明爱尔达的，是高耳神社的第15代巫女，小金井小糸。虽然小糸被享受现代文明和御宅族文化的爱尔达折腾得团团转，但爱尔达告诉小糸的江户文化也让她怦然心动、月岛的人们和小糸之间连绵不断的联系也让爱尔达感到自豪。但这个精灵，还是太懒散了！而且还出现了其他神社的巫女&精灵组合！？连接江户与令和的下町喜剧，开始了！
「流泪道别并不适合我们，因为下次再见时会很难为情。」 在勇者欣梅尔一行人击败魔王后的世界中，与欣梅尔等人一同为世界带来和平、活了千年以上的精灵魔法使──芙莉莲。 在面对寿命已尽的欣梅尔之死时，因落下的泪水与心中涌现的情感，踏上了「理解人类之心的旅程」。在旅途中，她与曾由过去伙伴海塔抚养长大的魔法使费伦，以及同为伙伴艾冉的弟子、战士修塔尔克结伴同行，一同朝向灵魂长眠之地前进。 在旅程中，与各种人们相遇交流，并与狡诈的魔族与魔物展开战斗。有时平静温柔，有时无聊琐碎，有时激烈动荡，有时直击心扉……所有的一切、每一个瞬间，都一点一滴地堆叠成三人无可取代的珍贵回忆。而在这趟旅程的终点，究竟等待着他们的会是什么？ 魔法使资格测试结束后，他们三人将再度启程──
故事舞台是在机动战士高达中的一年战争终结后七年。战争结束后一部份吉恩公国军事势力并未降伏继续在各地与地球联邦军发生军事冲突，因此地球联邦军内部强力主张追杀吉恩残余份子的激进排他势力泰坦斯（Titans）结成。由于泰坦斯对宇宙住民的强硬血腥镇压的手段，反势力奥干A.E.U.G.(台湾翻译为奥干，港译为奥古)结成。故事的开始于宇宙世纪0087年（U.C. 0087），前半主要围绕奥干和泰坦斯两派系的对抗，中段吉恩残余份子上阿克西斯(港译为阿古捷斯)登场，与奥干、泰坦斯角力周周旋，展开激战。
《灼眼的夏娜》TV第二季的故事将从小说第八卷开始讲起，以NDS游戏《灼眼的夏娜DS》中的登场人物，红世之徒，戏睡乡“メア”入侵御崎市开始开篇。据监督渡部高志所说，故事会对第一季的一些伏笔作出解释，并加入不少这个时代的小故事。第二季STAFF和声优会由原班人马担任，“钉宫之誓”依旧强势走高。 夏天结束后，新学期开始了 许多事物没有任何变化，但是同时也有不少事情逐渐发展着… 池和吉田，绪方和田中之间产生了些许微妙的关系 还有在我身旁，飘逸着长发的夏娜… 但是，这一切似乎有着一丝奇怪的违何感 在我们所不知道的地方，红世之徒再次展开了行动…
