西历5012年。突然入侵地球的＜外星人＞与其制造的＜机械生物＞导致人类面临灭亡危机。 仅存的人类逃至月球，为了夺回地球，利用＜人造人＞士兵展开反攻作战。 然而无限增加的＜机械生物＞阻挡在前，战争陷入胶著状态。 作为最终兵器，人类派遣新型人造人＜寄叶＞部队至地球。刚被派往地球的＜2B＞与先行调查员＜9S＞会合，一同执行任务，却在途中遇见许多神秘难解的现象……。 这是关于为人类而战，无生命＜人造人＞的故事－－ PS：Automata指的是“自动人形”，别再机械纪元求求了。
所谓的“交流障碍症”—— 是不擅于与人交流的症状，亦或有该症状的人。 应该注意的是——这种情况只是自我觉得不擅长，不想和别人有接触。 樱花烂漫的高中1年级，有着极度的交流障碍症的古见遇到了“过于普通”的同班同学・只野。 面对人群会感到紧张的古见的梦想是“能够交到100个朋友”。 在个性派所云集的高中，古见能实现她的梦想吗？ 想要传达，但是却传达不到…心神不宁，忐忑不安，不由自主地冷笑。 但是有时却如刺入胸膛？ 沉默的美少女·古见的交流障碍症喜剧。
在本作舞台的2030年代世界中，被称为“西欧财阀”的巨大组织利用财力、武力进行世界规模的彻底性资源管理，所以技术以及人类的进步正停滞不前。因此表面上技术从2000年代起就没有改变。 此作的世界观与TYPE-MOON多作共通的世界观基本设定一致，但却是从TYPE-MOON多作共通世界观的1970年代派生出来的平行世界，而并不单纯是月姬和Fate等作品的未来。 在这个世界中大源的魔力(Mana)已经枯竭了。因此TYPE-MOON多作共通的世界观中的“魔术(Magi)”和“魔术师(Magus)”几乎都衰落了，魔术协会也只余下本来就不太依赖魔力的“阿特拉斯院”。
在国王军与魔王军交战的数月后，身为国王的女儿兼国王军第三骑士团“骑士团团长”的公主沦为了魔王军的阶下囚！等待公主的是出人意料的重重拷问——！？史上最残酷的拷问时间正式拉开了序幕！
在播磨，武藏一行遇见了上杉龙臣统领的大型武士团——上杉武士团。他们的目的是讨伐盘踞在淡路岛的巨大鬼神“炮战龙八岐大蛇”。在那里，还有武田尚虎率领的武田武士团，与武藏同龄的武士岛津秋弘、尼子胜巳，以及稍显不通世俗的腼腆公主猿渡满等人。 在各种想法翻涌的涡旋之中，武藏一行也加入了灭鬼的战斗。而他们要挑战的八岐大蛇，则是号称“从未被人伤及分毫”、铜墙铁壁般的鬼神。武藏和同伴们将要面对的，是一场前所未有的激战。
