工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！
友一班上的校外教学旅行的钱被偷了，而偷钱的那个人就是自己好朋友5人组的其中一人。那个人因为欠下2千万的债务，而偷走旅行的钱当做报名朋友游戏的报名费，想要好朋友一起帮忙还清负债。5人虽然不清楚是谁做的，可是基於友情，众人决定一起承担，参加游戏。可是事情却没有想像中的简单，因为他们里头有背叛朋友的人。
野矢一树是海老栖川高中的新生，想加入天文部的他却误打误撞加入了名为天闷部的女子集团，故事由此展开……
いつもマスクで顔を隠している陰キャ男子高校生・佐山圭悟は、クラスのリア充・才川綴に無理矢理マスクを剥がされキレてしまう。 その日から、なぜか才川に気に入られてしまい、勉強を教わる見返りに「マスクの下を好きにさせる」ことに…… 「マスク男子は恋したくないのに」コミックス第１巻掲載内容に、原作者・参号ミツル監修のオリジナルシーンを加え、待望のアニメ化。
