离开死者之街过去了两年，威尔也已经17岁了。 作为领主，他发展了“灯火河港”，渐渐地，“兽之森”恢复生机。 但是，不合季节的花朵绽放，森林出现异常。为了解决这个问题而前往森林深处的威尔等人，从森林之王那里得到了不祥预言。 “铁锈的山脉上，会发生‘黑灾之火’，火会熊熊燃烧将这片土地全部烧毁。” 在灭亡的矮人之都“铁锈山脉”中沉睡的灾难是？与新的相遇一起，威尔他们的冒险再次开始！
由于父亲欠下了一屁股债人间蒸发，无家可归的女儿桃园奈奈生（三森铃子 配音）只得流浪街头。在这途中，奈奈生帮助了一位被恶狗追逐的男子，男子告诉奈奈生自己名叫御影（石田彰 配音），而在得知了奈奈生的遭遇后，他意外的提出将自己的住处让给奈奈生。一间荒芜的神社——这便是御影所说 的住处，奈奈生自觉上当，却也没有别的地方好去。更令她吃惊的是，御影竟然是神社的土地神，而如今，土地神的头衔，自然也随着住处转嫁到了奈奈生的头上。 莫名其妙的成为了土地神，而身边又出现了称她为“主人”的神使巴卫（立花慎之介 配音），奈奈生还未搞清楚状况，各路个性可爱又调皮的神灵就接二连三的降临到了她的身边。
