从前有位“光之巨人”，他负责保卫世界和平，对抗巨型怪物和外星人入侵的威胁。他就是机动奥特曼。他曾在执行任务时与科学考察队员早田进建立起联系，并在使命完成后离开了地球。时至今日，人类已进入了繁荣时代，但这只不过是和平的假象...现在，世界再次需要“光之巨人”的力量。就在这时，一个新的英雄出现了，他继承了光的基因。但是他并不高大，是一名中等身材、多愁善感的高中生，穿着金属动力制服。他的名字叫早田进次郎，是初代机动奥特曼早田进的儿子。早田进次郎克服种种困难成为新一代机动奥特曼，一个新的故事就此展开。
本不可能存在的神秘凶恶怪兽·宇宙人们来袭了！ 赛罗、利布特、泰迦、泽塔、爱迪、麦克斯、梦比优斯、葛雷、帕瓦特、格丽乔......还有更多的奥特英雄将共同加入战斗，向震撼全宇宙的令人费解的事件发起挑战。 然而这一切，只不过是从现在开始的大乱斗的序章而已！ 开始浮现的阴谋，交错的故事。暗中活动的黄金巨人的目的究竟是什么？！ 与《泽塔奥特曼》的故事相联结，新的奥特历史开始了！
リスティア国の片田舎の領地を治める下級貴族、オーンスタイン家。そこには、二人の姉弟がいた。 姉のマリーは、父から剣術の稽古を受けるのが大好きな活発な女の子。 弟のシオンは、部屋に籠もって本を読むのが大好きな内気な男の子。 性格は正反対の二人だが、優しい両親に見守られながら、仲睦まじく暮らしていた。 そんなある日、シオンは『まほう』というものがこの世界に存在するか、父に尋ねる。 しかし、貴族としてそれなりの教養がある父でも、『まほう』という言葉自体を知らなかった。 ましてや、シオンが言う「火とか水とか風とか光とか、何もないところからいろんなものを出したりする」現象など、この世には存在するはずもなく……。 その日から、シオンは目に見えて落ち込んでしまう。 シオンを励ましたいと、幼馴染みで農家の娘のローズに話すマリー。 すると、湖で不思議な現象を目の当たりにして――
