由于漫长的战乱，室町幕府日渐式微世界进入了崇尚血债血偿的战国时代山海秘境，纪之国这片茂密的森林深处，有一个以八咫乌为军旗纹章的枪炮集团。他们以佣兵为业，驰骋沙场，其名为“杂贺众”。继承杂贺众首领名号的人名为孙一，是一名从异国漂流至此的青年。而另一边，最早察觉欧洲列强侵略意图的三郎，则为了守护日本而四处奔走。原本毫无交集的两人随着异国侵略者的袭击而产生了联系。这群身处战国时代的男人会如何贯彻自己的信念与正义。他们的故事正式开幕——！
心怀对同伴的思念，向自己所相信的道路前进！ 经历了与黑暗公会“冥府之门”的激斗，以及与养育之亲“火龙伊格尼尔”的悲哀离别， 纳兹为了变得更强而与伙伴哈比一同踏上修行之旅。 另一方面，“妖精的尾巴”会长马卡洛夫突然下达了公会解散命令，自己也隐藏了行踪。 此后约1年，露西一边做着见习记者的工作，一边收集着散落大陆各处的旧时同伴的情报。 之后，在一年一度的“大魔斗演武”进行取材的某天，结束了修行的纳兹出现在露西面前！ 宣告魔导士公会“妖精的尾巴”的复活，怀着同样的信念，纳兹、露西、哈比的寻找同伴之旅开始了！！
乌森之地有着不可思议吸引妖怪的力量，凡是接近那儿的妖怪，都会得到强大的力量而急剧进化、变强。年幼时，因为良守同情一只妖怪，而使它产生变化，就在千钧一发之际，时音救了他，却也因此受了严重的伤。良守非常自责，下定决心要变的更强，保护时音.然而结界师所要面临的危险远不是他想的那么简单..
C.E.70年2月，地球联合军与ZAFT之间的武装冲突由于“染血的情人节”悲剧而全面升级为地球圈规模的战争。C.E.71年6月，在“非我即敌”的观念驱使下，地球联合军悍然发动了对中立国家奥布联合酋长国的侵略。当战斗进行到最激烈的时候，少年真飞鸟失去了父母和妹妹。唯一的遗物就只有妹妹掉落的手机。获救之后，背负着家仇的真黯然离开了故土奥布前往PLANT。两年后，他成为了ZAFT的战士......
