20世纪90年代的半架空世界里，美苏两国的冷战仍在持续。此时一种被称为“Arm Slave”的人形机动兵已成为军队主力，与之相关的新技术受到各方势力的觊觎。佣兵化军事组织“秘银”拥有强大AS军队，负责打击国际恐怖行为。隶属于其下SRT分队的相良宗介（关智一 配音）中士在战场上强悍勇猛。某日他受到上级指派，与队友梅丽莎、克鲁兹一同前往日本执行保护任务。这次他们的保护对象是元气十足的高中少女千鸟要（雪野五月 配音）。 小要直率果敢，是学校的学生会副会长。她对作为转校生出现在阵代高中的宗介头痛不已。因为战斗达人宗介在日常生活中古板而又毫无常识，时常做出惊人之举，令两人的校园生活风波不断，笑料百出。然而小要身上隐藏着关于AS的重要机密，她与宗介的未来注定布满荆棘…… 本作根据贺东招二的超人气同名轻小说改编。
在火星发现的神秘箱子――“潘多拉魔盒”打开的瞬间，巨大的墙壁突然出现！故事由此开始。被称为“天空之墙”的墙壁把日本列岛分割为三部分，并由此诞生了各自的首都「东都」「西都」「北都」。 其中在“东都”有被称为Smash的未确认生命体出现并暗中把人类逼入绝境。挡在Smash面前而出现的，是一位青年，其腰上戴着腰带、 手上握着不可思议的瓶子 。「变身！」―― 青年天才物理学者变身为假面骑士Build，阻挡在Smash的面前！
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在2016年电影的事后，弗兰克、布伦达、巴瑞和萨米试图建立自己的食物社会。
