ヒャッコクジムのジムリーダー・ゴジカに勝利し、7つ目のジムバッジを入手したサトシ達は8つ目のポケモンジムがある街・エイセツシティに向けて、旅を続けていた。その道中、一行は正体不明のポケモン「プニちゃん」を旅に連れていくのだが、「プニちゃん」は謎の集団・フレア団に狙われていた。 击败了第七道馆的道馆训练家葛吉花后，小智一行人继续以收集齐八枚徽章为目标向映雪市进发。在旅途中，他们遇到了正体不明的绿色生物“小软”（基格尔德·核心）及为其目标而行动的神秘团体“闪焰队”。
夏目的祖母玲子可以看见妖怪，并有很强的力量。但是被周围人疏远的她很早就离开了人世，只留下一本友人帐。友人帐里记录了曾经被玲子打败的妖怪的名字，且这些妖怪必须守护友人帐的主人。玲子去世后，这本友人帐留给了夏目。强大的友人帐吸引了各种妖怪的造访，给夏目带来不少麻烦，但是也引领夏目不断成长着。 夏目追寻妖怪的记忆不断了解自己的祖母玲子，由于异于常人的禀赋，玲子在人群中总是形单影只异常的孤单。深深理解玲子的夏目一心想要找到能够理解自己内心的人，也在这个过程中看到自己和祖母的不同之处。虽然生命似乎总是弥漫着孤寂的味道，但是如果找到想要守护的人，那是很幸福的吧。 在这样一个由冬入春的时节，夏目和他的猫咪老师带给我们一阵阵暖流。
从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」，被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。 在社会获得显著发展的背后，恐怖的怪物出现了。 吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。
