全新的一年，有趣可爱的故事继续上演。某个繁星点点的夜晚，喜羊羊、美羊羊、暖羊羊、沸羊羊、懒羊羊在郊外聊天。美羊羊提到听说看到流星马上许愿，愿望就可以成真。大家聊兴正酣，而在草丛的另一边，灰太狼等待着抓住小羊们的机会。事实上，流星真的可以帮助大家实现愿望，不过即将退休的流 星爷爷可不愿再揽多余的愿望，他只想快点儿回家休息。不过事与愿违，流星爷爷躲避流星炮弹途中被击落。万般无奈之下，爷爷只能帮大家实现各种各样无厘头的愿望，但他却被累的够呛，启程的日子遥遥无期。 为了帮助到所有的人，喜羊羊他们拿过了流星爷爷的接力棒，踏上了充满欢乐的征途，而灰太狼绝不会放弃这个大好机会……
本片根据张乐平先生同名漫画《三毛从军记》改编而成。 在战争时期，无家可归的三毛参了军。新兵训练开始，矮小的三毛穿着“巨大”的军服站在队列中，显得十分滑稽。军营的生活让三毛一时不能适应，还有一些人故意捉弄三毛，让三毛闹出了许多笑话。但是，三毛凭借自己的机智、勇敢，努力地在部队中生存了下去。三毛做过勤务兵、炊事兵，做事十分勤奋，但也常常好心办坏事，好在部队中有很多善良的人帮助他，克服难关。 作战期间，三毛虽然个子小，但是有勇有谋。歪打正着，虽然闹了些笑话，出了些洋相，但在紧急关头，却也立了大功，成了小英雄。
皇帝巡海之际，太子建文亲眼目睹了自己亦师亦友的郑提督突然弑君，反被朝廷诬陷为弑父夺位，慌乱中驾驶了青龙灵船逃回泉州欲返回金陵向燕王叔叔，郑提督接受监国燕王的命令回到泉州对建文进行缉拿，建文太子识破之后从泉州开启了往南的逃亡之旅，建文逃亡途中结交了东瀛忍者七里、蒙古水师统领腾格斯，博物学家佛郎机人哈罗德，四人在冒险途中结下了真挚的友情，准备展以南海蓬莱岛最大海盗破军基地为目标的逃亡查明郑提督弑君的真相之旅；此时朝堂内外各方势力蠢蠢欲动，郑提督又该如何在这样的条件下继续保护对自己误解愈深的建文和查探皇帝魔化事件的真相呢？
