《神兽金刚之青龙再现》延续《神兽金刚》系列动画的故事背景，讲述了神兽战队为保卫地球，与外星球黑暗势力咒冥帝作战的故事。一直觊觎地球水资源的咒冥帝，召唤出地球上的远古巨兽——肥遗兽，发动了更大规模的掠夺攻势，但神兽战队的5位成员，青龙超人叶辉、麒麟超人林聪、白虎超人张力、 朱雀超人赵燕和玄武超人陈锋各显神通，开始了新一轮战斗。
故事发生在一个名为魔仙堡的魔法世界之中，在这里，魔仙们运用她们所学习到的魔法知识来帮助遇到困难的人们。然而，在这里还是存在着一部分邪恶的魔仙们，她们利用黑魔法来获取利益，破坏世界和平。黑魔仙小月从魔仙小蓝那里偷得了魔仙彩石，这是魔仙们力量的源泉，拥有了魔仙彩石，便可以学习仙界的最高魔法。 带着魔仙彩石，小月躲藏于人类世界之中，为了不让魔仙彩石的力量危害人间，小蓝紧随其后。人类少女凌美琪和凌美雪意外的发现了躲藏在八音盒中的小蓝，三人之间结下了深厚的友谊。小蓝教会了美琪和美雪魔法，两人亦加入了寻找魔仙彩石的队伍中。
