讲述了前往宇宙之眼的赛尔号要穿越一处名为雅丹星云洞的危险区域，但星云洞内被一层梦境结界笼罩，赛尔号深陷其中，临危受命的SPT先锋小队前往幻象星找到梦神赫尔墨斯撤销了结界，赛尔号继续前行来到星云洞内的生命树领域，能量告急的赛尔号准备借用生命树的树之灵来补充能量，但此时占据生命树领域的索伦森正抢夺树之灵并试图利用其能量来消灭谱尼.....生命树领域原本是谱尼的修炼之地，谱尼感知到生命树领域的危机后进入了这片领域，索伦森则在抢夺树之灵的同时准备集结手下神域四天王与谱尼决一死战.....面对这场危机的SPT先锋小队决定保护树之灵，拯救生命树！ 本季赛小息小队将会探索幻象星，会来到生命之树，遇到神域四天王！
2048年，超级反派凌辰（化名潘洛斯）在和死对头超级英雄叶子暮的激战中意外穿越回2030年的高二。在回家见到姨母确定了自己穿越的事实后，凌辰决定，这次一定要守护好上一世因叶子暮害死的姨母，除掉叶子暮。”重生“的时间线充满变数，这次，凌辰相信自己可以改变一切！
莫凡迁至魔都，卷入“秘密事件”的调查中。过程中，莫凡帮助唐月脱困，意外获得玫炎火种，再度觉醒双系，目标直指明珠学府。大学生活开始，召唤系迎来“斗兽大赛”的挑战。
夜晚，洛洛在家里玩电脑游戏，突然落雷击中大厦，洛洛被传送到一个陌生的世界里。醒来之后，洛洛发现自己竟呆在一个以他最喜欢的机战游戏作为背景的虚拟世界。过不多久，茫然的洛洛就遭到猛兽族黑铁兽的袭击，差点小命不保，幸好时光之城的大将霹雳火及时出现将他救下，才避过猛兽族的追杀。洛洛与霹雳火结识成为朋友了，命运滚轮的转动无法避免，机战世界开始书写新的章程。
《神兽金刚3超变星甲》是神兽金刚第三季作品。剧情延续神兽金刚2天神地兽。
